兗州刺史王恭，豫州刺史庾楷举兵，以讨尚书左仆射王国宝、建威将军王绪为名。甲申，杀国宝及绪以悦于恭，恭乃罢兵。戊子，大赦。五月，前司徒长史王廞以吴郡反，王恭讨平之。慕容宝将慕容详僭即皇帝位于中山，宝奔黄龙。秋八月，吕光为其仆射杨轨、散骑常侍郭黁所攻，光子纂击走之。九月，慕容宝将慕容麟斩慕容祥于中山，因僭即皇帝位。冬十月，慕容麟为魏师所败。
二年春三月，龙舟二灾。夏五月，兰汗弑慕容宝而自称大将军、昌黎王。秋七月，慕容宝子盛斩兰汗，僭称长乐王，摄天子位。兗州刺史王恭、豫州刺史庾楷、荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄、南蛮校尉杨佺期等举兵反。八月，江州刺史王愉奔于临川。丙子，宁朔将军邓启方及慕容德将慕容法战于管城，王师败绩。丙戌，慕容盛僭即皇帝位于黄龙。桓玄大败王师于白石。九月辛卯，加太傅、会稽王道子黄钺。遣征虏将军会稽王世子元显、前将军王珣、右将军谢琰讨桓玄等。己亥，破庾楷于牛渚。丙午，会稽王道子屯中堂，元显守石头。己酉，前将军王珣守北郊，右将军谢琰备宣阳门。辅国将军刘牢之次新亭，使子敬宣击败恭，恭奔曲阿长塘湖，湖尉收送京师，斩之。于是遣太常殷茂喻仲堪及玄，玄等走于寻阳。冬十月，新野言驺虞见。丙子，大赦。壬午，仲堪等盟于寻阳，推桓玄为盟主。十一月，以琅邪王德文为卫将军、开府仪同三司，领军将军王雅为尚书左仆射。十二月己丑，魏王珪即尊位，年号天兴。京兆人韦礼帅襄阳流人叛，降于姚兴。己酉，前新安太守杜炯反于京口，会稽王世子元显讨斩之。秃发乌孤自称武威王。
三年春正月辛酉，封宗室蕴为淮陵王。二月甲辰，河间王国镇薨。林邑范胡达陷日南、九真，遂寇交址，太守杜瑗讨破之。段业自称凉王。仇池公杨盛遣使称籓，献方物。三月己卯，追尊所生陈夫人为德皇太后。夏四月乙未，加尚书令王珣卫将军，以会稽王世子元显为扬州刺史。六月戊子，以琅邪王德文为司徒。慕容德陷青州，害龙骧将军辟闾浑，遂僭即皇帝位于广固。秋八月，秃发乌孤死，其弟利鹿孤嗣伪位。冬十月，姚兴陷洛阳，执河南太守辛恭靖。十一月甲寅，妖贼孙恩陷会稽，内史王凝之死之，吴国内史桓谦、临海太守新蔡王崇、义兴太守魏隐并委官而遁，吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸皆遇害。遣卫将军谢琰、辅国将军刘牢之逆击，走之。十二月，桓玄袭江陵，荆州刺史殷仲堪、南蛮校尉杨佺期并遇害。吕光立其太子绍为天王，自号太上皇。是日，光死，吕纂弑绍而自立。是岁，荆州大水，平地三丈。
四年春正月乙亥，大赦。二月己丑，有星孛于奎娄，进至紫微。三月，彗星见于太微。夏四月，地震。孙恩寇浃口。五月丙寅，散骑常侍、卫将军、东亭侯王珣卒。己卯，会稽内史谢琰为孙恩所败，死之。恩转寇临海。六月庚辰朔，日有蚀之。旱。辅国司马刘裕破恩于南山。恩将卢循陷广陵，死者三千余人。以琅邪王师何澄为尚书左仆射。秋七月壬子，太皇太后李氏崩。丁卯，大赦。是月，姚兴伐乞伏乾归，降之。八月丁亥，尚书右仆射王雅卒。壬寅，葬文太后于修平陵。九月癸丑，地震。“冬十一月，宁朔将军高雅之及孙恩战于余姚，王师败绩。以扬州刺史元显为后将军、开府仪同三司、都督扬豫徐兗青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州诸军事，前将军刘牢之为镇北将军，封元显子彦璋为东海王。十二月戊寅，有星孛于天市。是岁，河右诸郡奉凉武昭王李玄盛为秦凉二州牧、凉公，年号庚子。
五年春二月丙子，孙恩复寇浃口。吕超杀吕纂，以其兄隆僭即伪位。三月甲寅，众星西流，历太微。夏五月，孙恩寇吴国，内史袁山松死之。沮渠蒙逊杀段业，自号大都督、北凉州牧。六月甲戌，孙恩至丹徒。乙亥，内外戒严，百官入居于省。冠军将军高素、右卫将军张崇之守石头，辅国将军刘袭栅断淮口，丹阳尹司马恢之戍南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国屯中皇堂。征豫州刺史、谯王尚之卫京师。宁朔将军高雅之击孙恩于广陵之郁洲，为贼所执。秋七月，段玑杀慕容盛，盛叔父熙尽诛段氏，因僭称尊号。九月，吕隆降于姚兴。冬十月，姚兴帅侵魏，大败而旋。是岁，饥，禁酒。
元兴元年春正月庚午朔，大赦，改元。以后将军元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北将军刘牢之为元显前锋，前将军、谯王尚之为后部，以讨桓玄。二月丙午，帝戎服饯元显于西池。丁巳，遣兼侍中、齐王柔之以驺虞幡宣告荆、江二州。丁卯，桓玄败王师于姑孰，谯王尚之、齐王柔之并死之
