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三年春二月，帝在寻阳。庚寅夜，涛水入石头，漂杀人户。乙卯，建武将军刘裕帅沛国刘毅、东海何无忌等举义兵。丙辰，斩桓玄所署徐州刺史桓修于京口，青州刺史桓弘于广陵。丁巳，义师济江。三月戊午，刘裕斩玄将吴甫之于江乘，斩皇甫敷于罗落。己未，玄众溃而逃。庚申，刘裕置留台，具百官。壬戌，桓玄司徒王谧推刘裕行镇军将军、徐州刺史、都督扬徐兗豫青冀幽并八州诸军事、假节。刘裕以谧领扬州刺史、录尚书事。辛酉，刘裕诛尚书左仆射王愉、愉子荆州刺史绥、司州刺史温详。辛未，桓玄逼帝西上。丙戌，密诏以幽逼于玄，万机虚旷，令武陵王遵依旧典，承制总百官行事，加侍中，余如故。并大赦谋反大逆己下，惟桓玄一祖之后不宥。夏四月己丑，大将军、武陵王遵称制，总万机。庚寅，帝至江陵。庚戌，辅国将军何无忌、振武将军刘道规及桓玄将庾稚、何澹之战于湓口，大破之。玄复逼帝东下。五月癸酉，冠军将军刘毅及桓玄战于峥嵘洲，又破之。己卯，帝复幸江陵。辛巳，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之奉帝居于南郡。壬午，督护冯迁斩桓玄于貊盘洲。乘兴反正于江陵。甲申，诏曰：“奸凶篡逆，自古有之。朕不能式遏杜渐，以致播越。赖镇军将军裕英略奋发，忠勇绝世，冠军将军毅等诚心宿著，协助同嘉谋。义声既振，士庶效节，社稷载安，四海齐庆。其大赦，凡诸畏逼事屈逆命者，一无所问。”戊寅，奉神主人于太庙。闰月己丑，桓玄故将扬武将军桓振陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，帝复蒙尘于贼营。六月，益州刺史毛璩讨伪梁州刺史桓希，斩之。秋七月戊申，永安皇后何氏崩。八月癸酉，祔葬穆帝章皇后于永平陵。九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，伏诛。冬十月，卢循寇广州，刺史吴隐之为循所败。执始兴相阮腆之而还。慕容德死，兄子超嗣伪位。
义熙元年春正月，帝在江陵。南阳太守鲁宗之起义兵，袭破襄阳。己丑，刘毅次于马头。桓振以帝屯于江津。辛卯，宗之破振将温楷于柞溪，进次纪南，为振所败。振武将军刘道规击桓谦，走之。乘舆反正，帝与琅邪王幸道规舟。戊戌，诏曰：“朕以寡德，夙纂洪绪。不能缉熙遐迩，式遏奸宄。逆臣桓玄乘衅肆乱，乃诬罔天人，篡据极位。朕躬播越，沦胥荒裔，宣皇之基，眇焉以坠。赖镇军将军裕忠武英断，诚冠终古。运谋机始，贞贤协其契；抆泪誓众，义士感其心。故霜戈一挥。巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荆郢。幸天祚社稷，义旗载捷，狡徒沮溃，朕获反正。斯实宗庙之灵，勤王之勋。岂朕一人独享伊祜，思与亿兆幸兹更始。其大赦，改元，唯玄振一祖及同党不在原例。赐百官爵二级，鳏寡孤独谷人五斛，大酺五日。”二月丁巳，留台备乘舆法驾，迎帝于江陵。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等谋反，伏诛。平西参军谯纵害平西将军、益州刺史毛璩，以蜀叛。三月，桓振复袭江陵，荆州刺史司马休之奔于襄阳。建威将军刘怀肃讨振，斩之。帝至自江陵。乙未，百官诣阙请罪。诏曰：“此非诸卿之过，其还率职。”戊戌，举章皇后哀三日，临于西堂。刘裕及何无忌等抗表逊位，不许。庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，加镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰，诏曰：“自顷国难之后，人物凋残，常所供奉，犹不改旧，岂所以视人如伤，禹汤归过之诫哉！可筹量减省。”夏四月，刘裕旋镇京口。戊辰，饯于东堂。五月癸未，禁绢扇及摴蒲。游击将军、章武王秀，益州刺史司马轨之谋反，伏诛。桓玄故将桓亮、苻宏、刁预寇湘州，守将击走之。秋八月甲子，封临川王子修之为会稽王。冬十一月，乞付乾归伐仇池，仇池公杨盛大破之。是岁，凉武昭王玄盛遣使奉表称籓。
二年春正月，益州刺史司马荣期击谯纵将谯子明于白帝，破之。夏五月，封高密王子法莲为高阳王。秋七月，梁州刺史杨孜敬有罪，伏诛。冬十月，论匡复之功，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅南平郡公，右将军何无忌安成郡公，自余封赏各有差。乙亥，以左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗杀零陵太守阮野。
三年春二月己酉，车骑将军刘裕来朝。诛东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。己丑，大赦，除酒禁。夏五月，大水。六月，姚兴将赫连勃勃僭称天王于朔方，国号夏。秋七月戊戌朔，日有蚀之。汝南王遵之有罪，伏诛。八月，遣冠军将军刘敬宣持节监征蜀诸军事。冬十一月，赫连
