讽朝廷征己，明帝乃手诏征之，语在《明帝纪》。又使兼太常应詹拜授加黄钅戊，班剑武贲二十人，奏事不名，入朝不趋，剑覆上殿。敦移镇姑孰，帝使侍中阮孚赍牛酒犒劳，敦称疾不见，使主簿受诏。以王导为司徒，敦自为扬州牧。
敦既得志，暴慢愈甚，四方贡献多入己府，将相岳牧悉出其门。徙含为征东将军、都督扬州江西诸军事，从弟舒为荆州，彬为江州，邃为徐州。含字处弘，凶顽刚暴，时所不齿，以敦贵重，故历显位。敦以沈充、钱凤为谋主，诸葛瑶、邓岳、周抚、李恆、谢雍为爪牙。充等并凶险骄恣，共相驱扇，杀戮自己；又大起营府，侵人田宅，发掘古墓，剽掠市道，士庶解体，咸知其祸败焉。敦从弟豫章太守棱日夜切谏，敦怒，阴杀之。敦无子，养含子应。及敦病甚，拜应为武卫将军以自副。钱凤谓敦曰：“脱其不讳，便当以后事付应。”敦曰：“非常之事，岂常人所能！且应年少，安可当大事。我死之后，莫若解众放兵，归身朝廷，保全门户，此计之上也。退还武昌，收兵自守，贡献不废，亦中计也。及吾尚存，悉众而下，万一侥幸，计之下也。”凤谓其党曰：“公之下计，乃上策也。”遂与沈充定谋，须敦死后作难。
敦又忌周札，杀之而尽灭其族。常从督冉曾、公乘雄等为元帝腹心，敦又害之。以宿卫尚多，奏令三番休二。及敦病笃，诏遣侍中陈晷、散骑常侍虞�斐问疾。时帝将讨敦，微服至芜湖，察其营垒，又屡遣大臣讯问其起居。迁含骠骑大将军、开府仪同三司，含子瑜散骑常侍。
敦以温峤为丹阳尹，欲使觇伺朝廷。峤至，具言敦逆谋。帝欲讨之，知其为物情所畏服，乃伪言敦死，于是下诏曰：
先帝以圣德应运，创业江东，司徒导首居心膂，以道翼讠赞。故大将军敦参处股肱，或内或外，夹辅之勋，与有力焉。阶缘际会，遂据上宰，杖节专征，委以五州。刁协、刘隗立朝不允，敦抗义致讨，情希鬻拳，兵虽犯顺，犹嘉乃诚，礼秩优崇，人臣无贰。事解之后，劫掠城邑，放恣兵人，侵及宫省；背违赦信，诛戮大臣；纵凶极逆，不朝而退。六合阻心，人情同愤。先帝含垢忍耻，容而不责，委任如旧，礼秩有加。朕以不天，寻丁酷罚，茕茕在疚，哀悼靡寄。而敦曾无臣子追远之诚，又无辅孤同奖之操，缮甲聚兵，盛夏来至，辄以天官假授私属，将以威胁朝廷，倾危宗社。朕愍其狂戾，冀其觉悟，故且含隐以观其终。而敦矜其不义之强，有侮弱朝廷之志，弃亲用羁，背贤任恶。钱凤竖子，专为谋主，逞其凶慝，诬罔忠良。周嵩亮直，谠言致祸；周札、周莚累世忠义，听受谗构，残夷其宗。秦人之酷，刑不过五。敦之诛戮，傍滥无辜，灭人之族，莫知其罪。天下骇心，道路以目。神怒人怨，笃疾所婴，昏荒悖逆，日以滋其，辄立兄息以自承代，多树私党，莫非同恶，未有宰相继体而不由王命者也。顽凶相奖，无所顾忌，擅录冶工，辄割运漕，志骋凶丑，以窥神器。社稷之危，匪夕则旦。天下长奸，敦以陨毙。凤承凶宄，弥复煽逆。是可忍也，孰不可忍也！
今遣司徒导，镇南将军、丹阳尹峤，建威将军赵胤武旅三万，十道并进；平西将军邃率兗州刺史遐、奋武将军峻、奋威将军赡精锐三万，水陆齐势；朕亲御六军，左卫将军亮，右卫将军胤，护军将军詹，领军将军瞻，中军将军壶，骁骑将军艾，骠骑将军、南顿王宗，镇军将军、汝南王祐，太宰、西阳王羕被练三千，组甲三万，总统诸军，讨凤之罪。罪止一人，朕不滥刑。有能杀凤送首，封五千户侯，赏布五千匹。
冠军将军邓岳志气平厚，识经邪正；前将军周抚质性详简，义诚素著；功臣之胄，情义兼常，往年从敦，情节不展，畏逼首领，不得相违，论其乃心，无贰王室，朕嘉其诚，方任之以事。其余文武，诸为敦所授用者，一无所问，刺史二千石不得辄离所职。书到奉承，自求多福，无或猜嫌，以取诛灭。敦之将士，从敦弥所，怨旷日久，或父母陨没，或妻子丧亡，不得奔赴，衔哀从役，朕甚愍之，希不忄妻怆。其单丁在军无有兼重者，皆遣归家，终身不调，其余皆与假三年，休讫还台，当与宿卫同例三番。明承诏书，朕不负信。
又诏曰：“敢有舍王敦姓名而称大将军者，军法从事。”
敦病转笃，不能御众，使钱凤、邓岳、周抚等率众三万向京师。含谓敦曰：“此家事，吾便当行。”于是以含为元帅。凤等问敦曰：“事克之日，天子云何？”敦曰：“尚未南郊，何得称天子！便尽卿兵势，保护东海王及裴妃而已。”乃上疏罪状温峤，以诛奸臣为名。
含至江宁，司徒导遗含书曰：
