国保护属国免受他国侵略的道义责任，更何况闵妃已经通过金允植表达了，敦请清朝出兵，平定叛乱之意。
之前从金允植和周馥的答话中，可以看出，他认为壬午兵变与去年李载先等聚众谋变如出一辙，而李载先则是大院君的之子，这就是说，金允植对清朝隐指，兵变谋主可能是大院君李是应。虽然这种说法是否确切，还很令人怀疑，但将大院君带走，显然可以保证清政府在朝鲜继续推行“以夷制夷”政策，也以此平息事端，防止日本的介入。因此清朝政府在出兵朝鲜之前，便做好决定，届时捉拿“兵乱祸首李昰应”。
在内政与外交融为一体的情况下，保护属国成了清王朝堂皇的借口，清朝开始派兵进入朝鲜平定内乱，防范日本图占朝鲜。由丁汝昌、吴长庆、袁世凯等率领的3千名清军，在4艘军舰的载运护送下，开抵汉城。在此之前，日军约一千数百名已先后到达仁川。双方在仁川相遇时没有发生冲突。
为了抢在日军之先，马建忠在清兵抵达汉城之前，先带兵营二哨驰赴汉城。马建忠进入朝鲜京城，即与大院君会晤，先以好言相接，释其疑虑。为防止日使花房义质骤然决裂，第二天马建忠又回到仁川会晤了花房义质，告之中国准备替朝鲜先除内患，使国家得以自主，再与日本商谈事务。在对待朝鲜平乱问题上，清军取得了主动权。
但是，当清军抵达京城时，兵变已经平息，大院君已经在高宗任命下有效地实施行政管理。面对无乱可平的现况，清军着手执行“获致”大院君的任务。马建忠、丁汝昌根据向导金允植、鱼允中所探得“乱党”的情况，连夜去吴长庆大营商密定了诱执大院君、究捕“乱党”的计划。
第二天，吴长庆入城拜会了大院君。下午三时，大院君到清军大营作礼节性回访。清国军士高兴的迎接大院君，还举行盛大的欢迎宴，趁机支开了大院君的十余名守护。在宴会结束前，忽然出现了一群挥舞著枪剑的猛兵，强将大院君拉上轿子，连夜冒雨遄行。在丁汝昌的指挥下，大院君被掳到了南阳海口，即上“登瀛州”号军舰，由管带叶伯压解送至天津。
大院君被送至天津后，李鸿章亲自询问其变乱缘由及乱党的首领，但问不出清方所需要的材料。李鸿章便命津海关道周馥、候选道袁保龄、马建忠等再行详细询问。
对大院君的询问集中在以下问题：变乱缘由，李最应为何被杀？乱首何人先入王宫？何队兵卒环首于李是应？为何不捕治乱党？这些问题表明清政府仍然希图弄清事件真相及大院君李昰应在兵变中应负什么责任。
这次询问，清方仍没有获得李昰应系兵变主谋的自供。而事实上，壬午兵变是朝鲜军民自发的反腐败、反暴政、反对日本侵赂势力渗透的正义斗争，大院君只是利用了这场兵变，以实现其蓄谋已久夺回政权的目的。
清政府早就根据张树声的报告认定李昰应就是乱首，经过几次询问，李鸿章虽知证据不足，但是为大清国计，必须定其罪名并加以处理。
至于如何处理大院君，清廷有人建议“将昰应羁留中国，令其富贵以终”的处理。之所以要把他留在中国，是为了避免大院君在朝鲜再度激发党争，坏了清政府在朝鲜问题上既定的“以夷制夷”外交策略。自从大院君被执之日起，高宗一再向清方求情，要求释放生父。就在大院君在天津被李鸿章等“会询”时，朝王还派赵宁夏等来津面呈咨文，要求清政府念其年老体弱，看在父子情份上，恩准其回国。最终，清朝政府宣布：“李昰应著免其治罪，安置直隶保定府地方，永远不准回国；仍著直隶总督优给廪饩，严其防闲，以弭该国祸乱之端，即以维该国王伦纪之变。”
明成皇后11（6）
然而，历史捉弄了清王朝。被决定永远不准回国的李昰应，在保定府被软禁不足三年，即由提议水不准复回的李鸿章以“甲申事变”后需收拾人心为理由，向清廷提出释放回国，这是后话。
清兵在朝鲜带走了大院君后，即开始了诱捕大院君之子李载冕及其部属的活动。李载冕在兵变后被大院君任命执掌兵权，吴长庆等在诱捕大院君后，害怕李载冕拥兵作乱，也将李
载冕诱至南别宫拘禁起来。李载冕知道大院君一派已不可作为了，在拘禁中辞去兵权。
紧接着，夜间，吴长庆及副将张光前、何乘鳌、总兵吴兆有率亲兵庆字三营，奔赴“乱军所居”之枉寻、利泰两村，进行围捕。当时，起义士兵已知为大院君所欺骗而深感不安，但又不知所措，只好消极地观望形势。就在这个时候，突然遭到了清军优势兵
