农民军的队伍。长期受崔海月影响的忠清道农民军也都奋起抗战。
于是，农民军又以全奉准为总大将，全部集结在忠清道一带，到9月末队伍扩大为近十万人。
卖国的亲日政府，与日军狼狈为奸，企图在公州一带阻止农民军北上攻打汉城。当时，日军和官军都是用美英提供的许多大炮和新式武器装备起来的，而且还受到长期的训练。与此相反，农民军尽管人数众多，声势浩大，但装备和训练却很差。而且，农民军联合总指挥部内部，混有一些象东学教教主崔海月之流的投降主义和分裂主义的领导人，这就削弱了农民军队伍内部的统—和团结。
当时，崔海月一伙因慑于多数东学教徒和农民的声势，虽然不得已地从是年9月中旬表面上参加了农民军的行列，但他们自始至终搞分裂活动，执行着一条向朝鲜政府妥协的路线。然而，全奉准等人在绝大多数东学党徒和农民的支持下，粉碎了他们的妥协路线，展开了积极的进攻战。
但是，由于农民军武器陋劣和缺乏军事训练，在日军的诱引战术和猛烈的炮击下，最后惨造失败。从当年10月末起，农民军几乎处于瓦解状态，而分散为许多小部队。这些小部队，后来在忠清道、全罗道的许多地方继续同日军展开了顽强的战斗，但也被各个击破了。其他各道准备攻打汉城的农民军，在公州战役失败后，也由于日军和官军的残酷“讨伐”，逐渐被击败。到12月底，三南一带几乎成了日军和官军的天下。
1894年12月，当农民军的势力逐渐衰弱，大局基本已定的时候，日军和官军在各地惨绝人寰地镇压农民军。当时，全罗道、忠清道等三南一带，参加暴动的农民及其家属约二十万人惨遭杀害，城市和农村变成了一片废墟。
由于叛徒的告密，全奉准和他的战友一起被捕，并被立即押送至汉城。全奉准和他的战友，直到1895年3月17日被判处死刑，不仅没有为刽子手的严刑拷打所屈服，而且义正辞严地申明自己的斗争是正义的，明确地指出侵略者和统治阶级是人民大众的敌人。
遭到灭顶之灾的东学党农民军，仍旧有一小部分进山坚持游击战争，但是由于全奉准被逮捕，到了1895年2月，甲午东学党农民起义大体上宣告结束。
东学党农民起义，使朝鲜的社会矛盾越发尖锐化。闵氏政府随后请清兵来镇压，又给日本的军事入侵提供了借口，清日两国的军队在朝鲜国土上对峙，给朝鲜酿成了空前的民族危机。在面临灭顶之灾的形势下，闵氏政权也不得不认真考虑应急对策。
在朝廷内部除了相当一部分官员坚持请兵镇压外，还出现了对农民起义军持同情立场的一派，他们建议政府对农民军施以怀柔政策。这两个派别虽然论条相对立，但是他们都感到内政改革势在必行。所以，改革弊政的呼声在闵氏政府内部日益成为主旋律。
早在5月间，金弘集就说，所谓更张，就是要大刀阔斧地改革政治上的弊病。高宗本人对国家混乱亦十分痛心，痛感改革弊端的必要，要求大臣们参照外国制度进行改革。
趁着朝鲜政府出现的这股改革风潮，《全州和约》之后，朝廷之中的革新派官吏更酝酿着自上而下的自主改革，这种改革和全奉准领导的改革运动大有相互结合的趋势。但是，日本对朝鲜改革的“劝告”与强行介入，将这种潜势扼杀在襁褓之中。
日本出于本国利益的考虑，要求中国共同改革朝鲜内政，在遭到清政府拒绝之后，日本决定单独介入。6月26日，由日使大鸟向高宗提出了改革案。
日本政府无视在农民战争的压力下，朝鲜政府内出现的自上而下进行内政改革的倾向，和农民军执纲所在全罗道地区所进行的改革，强行对朝鲜政府提出“劝告”，完全是出于政治需要。日本内阁批准的关于朝鲜的改革案，除最后一条是属日本利用开发交通通讯手段获得利益之外，完全是抽象的项日罗列。在朝鲜朝廷内部，从上至下都表示坚决拒绝日本的干涉，自主变革。两班官僚中要求改革弊政的上疏亦相继发生，当时，地位稳健的开化派资深官员金弘集已被任命为外务总理，俞吉浚等新进开化派人士己被任用为中央各署衙参议，初步呈现举国一致的前景。
东学党农民起义和中日在朝鲜的军事对峙，从根本上动摇了闵氏政权的统治。随着甲午年国内改革呼声的高昂，闵氏戚族政治的代表人物闵泳骏成了众矢之的，甚至有人主张“剥夺闵泳骏的官位俸禄，没收其全部财产并流放荒岛”。7月份，闵泳骏被迫辞去宣惠堂上职务，以此为标志，闵妃势力开始
