众所周知，比航母还样庞大，而且在组装之后基本上没有机动性可言的海上基地更加脆弱，也更加容易受到潜艇攻击。早在第一座海上基地问世前，就有部分共和国海军将领提出了这个问题，就连华剑锋都认为，如果不能解决防潜与反潜问题，海上基地将没有存在价值。针对这个问题，最有效的办法就是扩大反潜范围，加强反潜兵力密度。为此，海上基地都有数量众多的护航战舰，而且在一般情况下，肯定会携带数量众多的反潜巡逻机。拿共和国海军的第三代海上基地来说，在正常情况下，至少有12艘专业的反潜战舰掩护，搭载1个联队的72架反潜巡逻机，且其中2个大队的48架为远程巡逻机，加上反潜战舰搭载的30多架反潜巡逻机，以及按照需要配备的攻击潜艇，能在周围建立起宽达550千米的反潜警戒区域，或者是在某一特定方向上，将反潜警戒区域扩大到1000千米。
除了缺乏反潜战舰，美国海军还面临更大的挑战，即在西南太平洋上的诺福克海战之后，共和国海军加强了在东太平洋地区的潜艇兵力投入，将用来封锁“北美西航线”的潜艇数量增倍。并且根据美军反潜兵力的部署与使用情况，制订了更加全面、也更加高效的破交作战计划，加上共和国海军在西南太平洋上的战略进攻、即攻打斐济群岛的作战行动，美军的大部分反潜舰艇都得用到更加重要方向上去。
事实上，欠缺反潜力量的不仅是太平洋战场，还有大西洋战场。俄罗斯战败后，中东战场上对美军有利的局面也维持不了多久，加上南非在战争态度上的转变，大西洋上的局面变得对美军不太有利。共和国海军在攻打威克岛之前，就组织了一支由12艘大型攻击潜艇组成的“水下舰队”，该舰队随同运送人道主义救援物资的船队到达尼日利亚之后，并没在几内亚湾多做停留，而是在拉各斯（尼日利亚西南地区的港口城市）补充了淡水与新鲜食物之后，前往北大西洋。虽然按照计划，该舰队将在直布罗陀海峡西面的大西洋海域逗留几个月，期间将与欧洲国家的舰队与潜艇进行协同训练，为今后组建联合舰队创造基础。但是在北上途中，这支舰队在弗得角群岛以西海域袭击了从杜阿拉（喀麦隆最大的港口城市）驶往新奥尔良的美国船队，击沉30多艘超大型货轮（战绩高达750万载重吨，更重要的是，这支船队的所有货轮都是满载航行）。受此影响，在6月底，美国海军不得不将新建成的一批护航战舰的大部分留在大西洋上。
可以说，当时美国海军最欠缺的就是反潜战舰。
受此影响，美国海军不但不能在夏威夷群岛东面部署海上基地，甚至得在几条主要的航线上部署专门用来支持反潜巡逻机的海上基地。比如在圣诞岛东面，美国海军就部署了一座海上基地，而在东南太平洋的复活节岛东南也有一座海上基地，这些基地搭载的都是反潜巡逻机，并且具备支持反潜战舰的能力。
受此种种因素影响，在共和国海军主动撤退时，美军并没掌握主动权。
相对而言，在美军受到的众多影响中，最大的问题还是对战场情况的掌握能力受到了严重影响。
不管美国当局是否承认，在中途岛攻防战期间，美国海军并没打算用战略轰炸机击沉多少共和国海军的舰船，更不可能指望部署在几千千米外的轰炸机能够扭转海洋战场上的不力局面。这一点，在美国海军的战役部署中体现得非常明确，即袭击共和国海军的两栖舰队与海上基地群的主要目的不是取得多大的战果，而是要借此逼迫共和国海军的主力，也就是作战舰队前来决战。
从战术层面上讲，在共和国海军让两栖舰队与海上基地群主动退却的时候，美国海军的这一战役部署就产生了效果，也就是说，除非共和国海军放弃攻打中途岛的作战行动，不然就得让作战舰队前来解决问题。换个角度看，共和国海军让两栖舰队与海上基地群向西退却，也是在为作战舰队登场腾出舞台。
到7月9日夜间，美军的处境显得非常尴尬，主要问题就是无法对中途岛附近海域保持密切监视，也就无法确定共和国海军的作战舰队会在什么时候、以及从什么方向上投入战斗。美军面对的现实非常残酷，即必须在掌握的信息非常有限的情况了，冒险将作战舰队派往中途岛海域，巩固已经取得的战果。问题就在这里，如果共和国海军也将作战舰队派往中途岛海域，稳住战场局势、支持陆战队上岸，双方就将在此决战。对共和国海军来说，因为掌握了进攻的主动权与兵力优势，所以可以试探性的派1支作战舰队前往中途岛海域，并且为其提供强大的空中掩护。对美国
