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共和国海军早就考虑到了这种情况，并且定制了一批用来修复船闸的设备，有把握在3个月内修复被炸毁的船闸，让运河通航。问题是，任何设备都无法代替挖掘机，而疏通航道绝对是一件能够让人发疯的事情。占领巴拿马之后，共和国海军与陆战队就派遣工程人员，对堵塞航道的情况做了分析，并且对疏通航道做了全面评估，得出的结论是，疏通航道、以及清理加通湖里的沉船、水雷等等危险物品至少需要20年，而且花费不会比修建第二条巴拿马运河少多少。
毫无疑问，这样的结论，等于宣判了巴拿马运河的死刑。
别说在战争期间疏通运河，即便在战后，共和国当局选择修建第二条运河，也没有考虑疏通巴拿马运河。虽然这不完全处于经济因素，与政治问题有很大的关系，即巴拿马当局在战后更多的依靠欧洲提供的援助，有意疏远共和国，迫使共和国在考虑打通太平洋与大西洋航线的时候，不得不从政治利益出发，计划投入10万亿，开挖尼加拉瓜运河（后来随着航空运输迅速崛起，海运逐渐没落，这一计划也没有能够实施，还是由欧洲出资，疏通了巴拿马运河），但是在很大的程度上，这仍然是经济问题，即巨大的投入不见得能够收到同样巨大的回报。
不管怎么说，战争期间是别想让巴拿马运河通航了。
受此影响，共和国当局不得不调整战略部署，比如让天军将大约一半的战略轰炸机留在了太平洋，而不是全部派往大西洋。又比如，在安排后期战略打击的时候，将美国本土分成了两个部分，由天军负责中部地区，海军负责东部地区，从而有效利用部署在太平洋上的战略轰炸机。
问题是，这些调整，都无法从根本上改变后勤保障遇到的困难。
前面提到过，虽然从共和国出发，经马六甲海陕、苏伊士运河与直布罗陀海峡，再到加勒比海的航线不比太平洋航线长多少，但是受几处海上咽喉，比如马六甲海峡、苏伊士运河与直布罗陀海峡的通航能力，以及沿途缺乏大型物资转运中心，特别是在过了苏伊士运河之后，几乎没有可靠的停泊点，所以这条航线的运输能力非常有限，仅能满足前线作战需求的一半左右，另外一半物资必须走第三条航线，即在经马六甲海峡之后，横渡印度洋，从好望角进入大西洋，再经佛得角群岛横渡大西洋，到达小安德列斯群岛之后进入加勒比海，前往古巴。虽然这条航线上的物资转运地比较平均，进入印度洋之后，可以在迪戈加西亚、福尔斯湾停留，进入大西洋后，还能在佛得角群岛与小安德列斯群乌停留，总共有四处大型物资转运中心，足以为数十支船队提供支持，但是这条航线的距离非常遥远，即便为船队配备那些具有无限续航能力的高级商船，也无法保证运输效率。准确的说，运送相同的物资，在这条航线上投入的运输船队的数量几乎是另外两条航线的2倍！由此可知，在不变更保障强度的前提下，巴拿马运河被堵死之后，运输船队的数量得增加大约50％，即便通过调整战略部署的方式适当降低保障强度，也需要增加20％到30％的运输力量，才能保证大西洋上的作战部队正常行动。
也许有人认为，对共和国来说，这不算什么。
如果仅仅是某个局部战场上的作战行动，这确实不是什么大问题，可以通过调配其他战场上的运输力量来解决问题。事实上，在此之前，共和国海军多次这么做，比如在轰炸澳大利亚的时候，就从印度洋调来了大批运输船队。问题是，此时不是2060年，美国是最后一块战场，共和国将几乎全部作战力量都派了过去，增加20％到30％的海运力量，绝对不是说句话那么简单的事情。可以说，以当时的情况，别说增加20％到30％的运力，就算在短期内增加10％的运力都不太现实。
当然，这不是说共和国没有足够的运输船只，而是无法抽调出足够多的运输船只。根据战后公布的资料，在2063年的时候，共和国用在军事海运上的船只只占总量的一半左右，另外一半已经转到其他方向，特别是帮助众多盟国与占领区进行战后重建，恢复正常秩序。比如，为了将在印度的粮食工厂里生产出来的粮食送往40多个已
