他的助手到“军技室”后，受到温毓庆的排挤也就在情理之中了，被安排在第一组做外交密电的研究工作。此时的日本外交密电的翻译工作已经总结出一套操作规程，一般懂得日文的人都可以操作，根本没有必要把池步洲等人拴在这里打发日常事务，而应该发挥他们的最佳效用去破译更加有用的日本陆军密电码。第一组的组长是霍实子，霍实子是早期的留日学生，在交通部电政司时曾协助温毓庆研究破译日文密电，而且已经取得了一些成就。霍实子与池步洲并无工作和私人关系上的恩怨，只是他带来的几个报务员在好长的一段时间里都没有截获到任何日本密电，使得池步洲等人根本就没有什么东西可研究，为此池步洲想退出“军事委员会技术研究室”另找门庭。霍实子了解了此事后，要温毓庆出面做池步洲的工作。
在“军事委员会技术研究室”组建前，温毓庆就知道了池步洲的名字，也知道他所取得的成就，但从来没有见过面。当他得知内情后特地让霍实子安排与池步洲见了面。据池步洲后来对人说，这次见面温毓庆的风度和涵养给他留下了非常好的印象。而温毓庆在与池步洲见面时，对池步洲到“军事委员会技术研究室”后上交的关于日本外务省外交密电密码本的编排方法赞不绝口，几次说：“你们破译的密电码不但层次高，而且速度快，真是难得！”温毓庆说的这话是否出自内心也只有他本人清楚，但他的用意是非常明确的，那就是希望池步洲打消另外的念头。而池步洲虽然当着温毓庆的面对自己的去向没有表态，但他对温毓庆说的那些话还是听进去的，后来他没有离开“军事委员会技术研究室”就是个证明。池步洲与温毓庆的见面是第一次，也是最后一次，因为没过多久温毓庆到香港治病后就再也没有回来过。
池步洲并不清楚，温毓庆的悄然离去与魏大铭任代主任之间的内在原因，他只是觉得温毓庆就这样走了有些不明不白，甚至对温毓庆的走有些惋惜。这些池步洲与人说了，而且次数还不少。于是，有人很快把这话传到了魏大铭那里。魏大铭完全明白池步洲在破译日本密电码方面的能力和已经有的成绩，为此他对池步洲采取的是敬而远之的孤立政策，就是他在任副主任的日子里也少有与池步洲接触。可当魏大铭听说了池步洲对温毓庆离走的那些话后坐不住了，他知道池步洲这样的话多了对自己掌控全局不利。为此，魏大铭派随从副官把池步洲叫到办公室里谈话，他想通过谈话摸清池步洲的心事。当池步洲走进魏大铭的办公室时，见魏大铭紧绷着脸一副傲不为礼的样子，顿时心里有了不舒服的感觉。池步洲此时的感觉是，魏大铭与温毓庆不是同一种人。见魏大铭好久没有叫座，池步洲随手拉过张椅子坐了下来。他望着椅子前的地面既不点头也不开口，这不冷不热的场面使魏大铭尴尬了好一阵子。过后，不管魏大铭说什么，池步洲除了点头很少回话。魏大铭自感无趣，只得早早地结束了这次谈话。巧的是池步洲与魏大铭见面也只有这一次，没有过多长时间被“军事委员会技术研究室”的同仁们赶走了。
原来魏大铭代理“军事委员会技术研究室”主任后，就按照戴笠的意思，一心要把“军事委员会技术研究室”控制在军统局的人员手中。他首先下令，要全室人员各交二寸半身照片三张，企图把所有人员强行拉入军统组织。可魏大铭没有料到，这事遭到了“军事委员会技术研究室”很多人的反对，特别是原来跟随温毓庆工作的那些人更为激烈。戴笠听说后，他亲自出面请客吃饭，进行多方面的拉拢，但也没能奏效。魏大铭见软的不行就采用了硬的手法，他指使秘书室人事股从人事档案中，把温毓庆的亲信时任秘书室秘书的王维均等三人的照片取出，随函送到重庆卫戍部稽查处，以这三人有“通敌嫌疑”为由，要求稽查处派人监视。稽查处随后复函说：“本处人手不足，无力承担此项任务，若确有必要，可由贵室自派军统人员就近监视。”这封复函发到“军事委员会技术研究室”后，凑巧被王维均本人拆阅时发现。过后，王维均等人联名写报告给蒋介石控告魏大铭，并附上了重庆卫戍部稽查处的函件。此时的蒋介石对“军事委员会技术研究室”内部的矛盾已有所了解，在权衡利弊后，即下令撤了魏大铭在“军事委员会技术研究室”的任职，要戴笠将其调回军统局。魏大铭走后，蒋介石又命毛庆祥为“军事委员会技术研究室”的代主任。毛庆祥上台后，留下来的军统局的人员又处处为难他。于是，毛庆祥再次向蒋介石告状，迫使蒋介石下令在“军事委员会技术研究室”的所有军统人员全部退回军统局。自此，“军事委员会技术研究室”的一切活动，都与军统
