部则改制为郑氏海贸公司，负责郑家生意上的事。
第三舰队的存在有些特殊，朝廷只比照其它两个舰队的标准，发一半的军响，剩下的郑家用吕宋岛的收益做补充，补足军响。
改旗易帜后，李振新对郑成功提了一个要求，从南海到渤海航行自由。不能出现任何苛捐杂税，只有朝廷掌管的港口有收税权！海盗等不安定势力，务必要缴灭清楚，澎湖岛以北的外海属于第一、第二舰队的防区，澎湖岛以南的外海属于第三舰队的防区，各舰队需要在最短的时间，理清防区内的匪患。
郑成功回到福州后，很快在报纸发布檄文宣布支持朝廷光复大业，改旗易帜，接受改编，欢迎朝廷接收福建等地的政务工作。
从甲申国难算起，大明经历了二十年的战乱和动荡。要是从万历末年的辽东败局算起，全天下经历了近半个世纪的战争苦难。终于在1663年末的时候，大明境内的主要区域战火平息，迎来了和平。
郑家改旗易帜，远在大员的施琅和刘兴等人，感觉是受到了巨大伤害。他们通过二十多天的艰苦奋斗，总算是修通了一条从打狗到东宁的便道。可就在这时候，收到了战争结束了的消息。你说这气人不气人，合着是跑到大员来当伐木工给大员人民来修路的啊！
