首先，围绕着《海瑞罢官》、《二月提纲》的争论经过，他由于过去很少接触这方面的问题，理不出个头绪来。
其次，聂荣臻与彭真是老战友，对彭真上纲到指名道姓，说他是“赫鲁晓夫式的人物”，这样的结论，聂荣臻难以接受。
三是，对《二月提纲》的批判，上升到是两个阶级两条道路斗争的高度，他也无法理解。
5月21日，即《五·一六通知》通过后的第五天，又发生了国防科委副主任安###然逝世的事情。
更加加深了聂荣臻的不祥之兆的感觉。
安东，14岁参加革命，参加过两万五千里长征，1955年，37岁时就被授予中国人民解放军少将军衔。
他才思敏捷，精明强干。
聂荣臻很喜欢这位年轻得力的助手。
在聂荣臻的推荐下，安东担任了总参谋部装备部副部长、国防部航空工业委员会秘书长，国防科委秘书长、副主任。
从国防科委成立起，一直主持国防科委的常务工作。
21日中午，聂荣臻散步时边走边叹息说：“安东今年才48岁，喜欢体育运动，会打乒乓球、网球，爱滑冰、游泳，经常锻炼身体，健康状况一直挺好。
怎么这样突然地去世了，真是可惜！”当天晚上，他接到报告说，北京医院尸体解剖的结论是，安东不是死于心脏病，心脏只有轻度病变，而是因为误服了大剂量的眠尔通，导致中枢神经麻痹才死亡的。
一位担任大军区级职务，又掌握着导弹、原子弹等高度机密情报的高级干部，突然非正常死亡，聂荣臻说，这可不是好兆头。
安东非正常死亡的原因始终没有搞清楚，1973年，国防科委党委在报经中央军委批准以后，为安东作出了没有政治问题，按病故人员对待的结论。
《五·一六通知》下发以后，极“左”思潮在神州大地上迅速蔓延，有些地方，对人的迫害到了疯狂的程度。
聂荣臻感到，危险正日益向科技界的知识分子逼近。
不仅发生了安东非正常死亡的事情，6月2日，发生了中国科学院的某位知识分子，出访荷兰时，在所住的旅馆跳楼，抢救无效身亡。
7月6日，中国科学院数学所的某位知识分子，刚由大庆回到北京，也跳楼身亡。
不久，上海市科委主任舒文向聂荣臻报告，上海市科技界的知识分子，近期发生了8起自杀事件，其中有5人身亡。
这一连串的事件，使聂荣臻深感不安。
作为知识分子的知心朋友，在知识分子面临困境的时候，聂荣臻不会无动于衷。
于是，他决定在调查研究的基础上，拟定出一个保护知识分子的文件。
文件被定名为《关于在文化大革命中对待自然科学工作者的几个政策界限》的草稿（以下简称草稿）。
“草稿”共约3000字，主要包括以下内容：一、科技界的绝大部分知识分子，属于无产阶级或资产阶级左派、中派，应该予以团结保护，要打击批判的只是少数右派；二、即使是右派，还能做点科技工作的，也要给以长期的教育改造，使其悔改，重新做人。
第一节不祥的预兆（2）
有些坚持不改的，暂时搁起来，什么时候放毒，再予以批判；三、“有些年老体弱，行将就木”的科学家即使群众意见很大，也只进行背靠背的批判，不搞面对面的斗争；四、科研机构进行“文化大革命”运动，要摆事实，讲道理，不准打人侮辱人。
“草稿”6月23日上报以后，聂荣臻希望尽快得到批示，使科技界的知识分子免遭厄运。
几经催问，6月27日中央文革办公室答复说：现在中央很忙，没有时间讨论，可以将文件草稿发给有关单位征求意见。
到7月5日，各方面的意见基本上都汇总起来了。
“草稿”引起了强烈反响。
大家都表示热烈拥护。
在所提出的31条意见中，大多是属于文字表达方面的。
其中有两条实质性的意见：一是，要求扩大无产阶级知识分子和资产阶级知识分子左派、中派的适用范围。
二是，希望把“草稿”中（包括标题）提到“自然科学家”的地方，一律改为“自然科学工作者”。
两条意见，目的都是想把尽可能多的知识分子，包括进保护对象的范围之内。
聂荣臻非常高兴，这正符合他的愿望。
