旧案重翻，礼部右侍郎郭正域，主张公开进行勘问。然而，沈一贯以“亲王不当勘，但宜体访（进行调查）”，加以反对。郭氏认为，事关宗室真伪，不通过直接讯问，怎么能秉公作出决断？依旧坚持己意。朱华奎知道这件事后，马上给郭正域送来黄金百两，表示只要不公开查问，他将继续送上白银万两，但被郭氏拒绝了。
案件发到湖广，由巡抚和巡按御史会同勘问，对王府有关员役70多名且加以刑讯，都未获得能够证明华奎不是恭王所生的证据。只有朱华越的妻子、即王如言的女儿，依旧一口咬定朱华奎是“伪王”。
地方把勘问结果申报入朝，皇帝命各部院大臣，会同有关官员37人，进行覆查。他们在西阙门集会合议，各抒己见，书面送交礼部。郭正域主张把不同意见全部上奏，但礼部左侍郎、署尚书事的李廷机，坚持“先撮其要以上”。沈一贯抓住这个空子，唆使巡城御史康丕扬，疏劾“礼部壅阏群议，不以实闻”。郭正域稍后也揭发了沈氏接受楚王重贿、“匿疏阻勘”的行为。
沈一贯恨透了郭正域。朱华奎接着上疏说，郭氏乃湖广人，和他有仇怨。华越进京，就住在其兄国子监丞郭正位家中，正位为之出谋划策。在沈一贯指使下，给事中钱梦皋劾奏郭氏“陷害宗藩”，另一给事中杨应文则诬陷郭氏之父曾被楚恭王笞责，所以挟嫌报复。郭正域上疏辩解，皇帝没有理会，因而愤然提出辞官。
皇帝最后认为，华越夫妇“夫讦妻谮，不足凭据”，因而把他降为庶人，禁锢于凤阳；附和他的宗人朱蕴钫等多人，或罚减俸禄，或革爵幽禁；王府两名仪宾则永远戍边充军。具有复杂内涵的“伪楚王”案，才宣告收场。
朱华越等受处理的上一个月，即万历三十一年十一月，北京城内，四处流传着全文300余言的传单，题名《续忧危弦议》。文内虚构郑福成与人问答。大意是皇帝立太子朱常洛（按即日后的明光宗），出于不得已。将来一定会另立太子，这从拜朱赓为大学士一事便可看出。赓者，更也。就是暗示太子定要更换的意思。更有人牵强附会，指称“郑福成”乃暗示：最受宠的郑贵妃所生的福王常洵，一定会成为太子。这份传单，当时被称为“妖书”。
“妖书”到处散发，朱赓的寓所中也收到一份。朱氏看后不敢隐瞒，马上进宫面奏皇帝。
明神宗看过传单，勃然大怒。当即命东厂和锦衣卫“大索奸人”。沈一贯因“伪楚王案”和郭正域结怨，又和另一大学士沈鲤不和，想乘此机会排挤沈鲤，置辞官尚未获准的郭正域于死地，从而密奏皇帝，“妖书”是一两个大臣的阴谋，必须严于追查。在他主持下，定出揭发主谋者给银5千两、授任指挥佥事的赏格。一时密探四出，京城的气氛骤然紧张起来了！
锦衣卫都督周嘉庆，被同僚王之祯等指为“妖书”作者。康丕扬看出沈一贯的心意，上疏硬指“妖书”和“伪楚王”两案同源，暗示和郭正域弟兄有关。谁知弄巧成拙，引起皇帝恼怒，斥责他“庇反贼”。还是得沈一贯竭力解救，才没有被罢官、充军。
康丕扬为了表现自己，接着派人逮捕了常到大臣家凑趣的和尚达观，到郭家看过病的医生沈令誉和琴士钟澄，府同知胡化也上书控告儒学训导阮明卿“造作妖书”；厂卫则捉到嫌疑犯毛尚文（郭正域家仆）。史载：“数日间，锒铛旁午，都城人人自危！”
钱梦皋秉承沈一贯意旨，继续上书攻击沈鲤和郭正域，要求“穷治根本，定正域‘乱楚’首恶之罪，罢斥沈鲤。”皇帝据此，命郭氏“回籍听勘”，也传旨严讯捕置狱中的诸人。
万历中期朝政的龌龊由此暴露无遗，刑部尚书萧大亨为沈一贯私党，审案时刑逼受审者供认系受郭正域指使，达观和尚当场致死，沈令誉等在酷刑下，同样没有乱供。作为原告的胡化，也被威逼、要他攀扯沈鲤和郭正域。胡化情急大叫，承认自己和阮明卿有仇，因而诬告对方写妖书，并未受人指使。锦衣卫都督陈汝忠审讯毛尚文，还派兵到杨村包围郭正域乘坐南归的海船，拘捕了仆婢和代抄文件的“佣书者”多人，但没有逼出有用的口供。被捕诸人中，只有周嘉庆毫无形迹，释放后革职回里。而他的舅父、礼部尚书李戴，已因此被勒令辞官了。
皇太子在东宫，听到他过去的老师郭正域受罗织，数次对近侍表示，“奈何欲杀我好讲官”？消息外传后，阴谋加害郭氏的人，才有所收敛。
“妖书”是何人所为，始终不明不白。
“妖书”案结束不久，楚王朱华奎以“助工”为名，向皇帝敬献万金。
