。只是，因与陈炯明意见分歧，又发生广州军变事件。孙终离粤，逃归上海；并且公开承认他的「护法」和「北伐」失败。又过半年，孙又重组讨逆军，南下赶走陈炯明，重占广州，于1923年3月 2日，三组政府。但，又不称「大总统」，这回反又回复称「大元帅」，在广州设立大本营，同时，任命各部部长，如外交、财政、内务等，又回到军政府架构。
就在孙中山反复地在南方广州三建政府的同时，北方北京政府亦先后在北洋军阀的轮翻把持下，更换总统，更换总理。最初，张勋复辟失败之后，皖系段祺瑞任总理，直系冯国璋任总统，曾是北洋军阀中皖系与直系的短暂合作期，然后二人争持不下，双双下台，把无军队的亲日派老官僚徐世昌推出来任总统。1919年底冯国璋病死后，直系势力由曹锟及其部将吴佩孚接手。因此时段祺瑞操纵安福国会，可以左右总统徐世昌，并对曹锟及吴佩孚排斥。曹、吴二人终不服，遂发生皖直战争；直系因事先联合东北奉系军阀张作霖带兵入关夹击，皖系终告大败，段祺瑞离北京。于是，直系、奉系成为*幕后的新主人，徐世昌给他们加了新的衔头，曹、吴二人封为正副「直鲁豫（河北、山东、河南）巡阅使」，张作霖则封为「东三省（辽宁、吉林、黑龙江省）巡阅使」，其实就是，北方的地盘基本上由他们瓜分了。该地方的一切，包括督军任免，都要经过他们认可才算作实。虽然如此，彼此仍为争夺军火与地盘上的军饷而逐渐不和。进而因为总理人选更替，直系与奉系产生了磨擦。奉系扶植亲日派梁士诒组阁，但遭直系反对，双方诉诸武力，「第一次直奉战争」就是这样发生了。战争时间是1922年4月28日至5月5日。
据说，奉系张作霖于事前联络段祺瑞与孙中山，说服他们携手对抗直系，因直系是三者共同敌人。段祺瑞是在「皖直战争」中被打败；而孙中山的「北伐」对手亦是直系。但是，此仗张作霖打败了。张率他的部队回返东北，随即宣布独立，俨如自成一国。他在等下一轮机会。
于是，直系独掌*，叫总统徐世昌下台，用黎元洪再任总统，并且，由曹锟担任副总统。总理人选则是半年内竟然更换了七次，其次序是 周自齐、颜惠庆、王宠惠、唐绍仪、汪大燮、王正廷、张绍曾。那时，国会政制之混乱，北洋军阀之擅权，举此一例，可见其它。
其实，在那时期其它军阀也是这样。他们所率领的部队，占据一地或一省，既称督军，亦即省长，全是割地称雄。势力可能有大有小。他们与中央的关系是口头上的默契。若是强的中央，号令还被尊重；若是弱的政府，只好任他胡为。或者，美其名叫自治。北方固然如此，南方同样类似。这些军阀的势力基本上是来自各自率领的部队。但是，部队的维持则需要军饷。军饷要靠当地百姓，或强征迫收，或明目抢掠。所以，只有地大民富，才会军大势大。
最大军阀的好处是操纵政府，进而代表政府。然后，以名义上合法的地位，以原则上操纵的主权。譬如，用各地铁路权，用全国关税权，诸如此类作为抵押，向外国的银行（例如，日本的、英美的）进行种种贷款。他们所得，多数用来养军，备军，扩军。这些情况就是当年的怪现象。段祺瑞执政时曾是这样，张作霖是这样，吴佩孚也这样。彷佛这是（他们所知道的、而又在奉行的）唯一方法。所谓外国支持就是这类交易；张作霖与日本，吴佩孚与欧美。都是如此，关系密切。
曹锟想当总统，千方百计进行。吴佩孚原本是曹锟部将，所以对曹锟尊重和支持。曹锟为了要以合法名义当上总统，先逼退徐世昌，迎黎元洪复职，但又经常对黎百般刁难，数易总理，恐吓刻薄，直到迫黎辞职出逃。然后，曹锟利用每张选票5000大洋贿赂国会议员，于1923年10月6日当选为大总统，并且，只以一个月期限便又由贿选国会起草通过一部曹锟宪法。凡此种种，均惹非议。然后也因这些，便给奉系和其它人有借口笔诛口伐和出兵了。
1924年9月15日至11月3日又再发生「直奉战争」，是第二次，直系打败。这一回吴佩孚曾亲自督战山海关。不过，因为张作霖除了再领兵入关，又联络了皖系的幸存者浙江的军阀卢永祥，及南方军政府的孙中山，并且得到他们同意支持，或是出兵，或是声援，一齐向直系曹锟、吴佩妥出击。这种组合是第二次。战争分为东西两路进行。吴佩孚的江苏军队先与浙江的卢永祥开战，吴胜，卢败；卢逃日本。另一路是，北阻奉军。直系第十一师师长冯玉祥本是领军去打奉系张作霖，但他阵前倒戈之后回师北京
