毛泽东根据前委“各作一篇文章，表明他们自己的意见”的要求，于六月十四日给林彪写了回信，并送交前委。复信从历史和环境两方面考察红四军党内存在的问题和争论的原因，归纳为“个人领导与党的领导”、“军事观点与政治观点”、“流寇思想与反流寇思想”、“形式主义与需要主义”、“分权主义与集权”等十四个问题。指出红四军还没有能建立起党的绝对领导的原因是：第一，红四军的大部分是从旧式军队脱胎出来的，便带来了一切旧思想、旧习惯、旧制度；第二，这支部队是从失败环境中拖出来结集的，原来党的组织很薄弱，因此造成了个人庞大的领导权；第三，一种形式主义的理论从远方到来。复信批评了不要建立巩固的根据地的流寇思想，指出：流寇思想历来在红军中是很厉害的。流寇思想产生于四军中的游民成分，党与这种思想曾经作过许多的斗争，但它的尾巴至今还存在，这种思想影响到城市政策与红军军纪。复信还指出：红四军中向来有些同志偏于军事观点，同站在政治观点即群众观点上的人的意见不合。复信指出：“四军党内显然有一种建立于农民、游民、小资产阶级之上的不正确的思想，这种思想是不利于党的团结和革命的前途的，是有离开无产阶级革命立场的危险”，必须“克服这种思想，以求红军彻底改造”。这封信，是总结中国共产党领导的人民军队建设经验的重要文献，系统地提出了党对红军的绝对领导和红军建设的一系列根本原则，为半年后起草古田会议决议打下了初步基础。
六月二十二日，中共红四军第七次代表大会在龙岩城内召开。毛泽东在会前曾向前委提出建议：通过总结过去斗争经验的办法达到统一认识，解决红军建设中存在的主要问题，以提高红军的政治素质和战斗力。这个建议没有被采纳。
红四军七大由陈毅主持，号召“大家努力来争论”。代表们围绕从井冈山斗争以来的各方面问题进行讨论。会议所作的决议对许多具体问题的结论是正确的或比较正确的，但错误地否定了毛泽东提出的党对红军领导必须实行集权制（当时对民主集中制的称谓）和必须反对不要根据地的流寇思想的正确意见。通过的决议说：“流寇思想与反流寇思想的斗争，也不是事实”，还把“集权制领导原则”视为“形成家长制度的倾向”。会议认为，毛泽东是前委书记，对争论应多负些责任，给予党内“严重警告”处分。大会改选了红四军党的前敌委员会，在选举前委书记时，由中共中央指定的前委书记毛泽东没有当选，陈毅被选为前委书记。毛泽东在会上最后发言说：现在还是要根据我们历来的实际斗争中间的经验，加强这个政治领导，加强党对红军的领导，军队要做群众工作，要打仗，要筹款；至于会议对我个人有许多批评，我现在不辩，如果对我有好处，我会考虑，不正确的，将来自然会证明他这个不正确。⑨会后，毛泽东被迫离开红四军的主要领导岗位，到闽西特委指导地方工作。
七月上旬，毛泽东以红四军前委特派员身分到闽西指导地方工作。那时，闽西特委正准备在上杭县蛟洋召开中共闽西第一次代表大会。毛泽东到蛟洋后，发现党代会的准备工作还不够充分，提议会议推迟一周召开，由代表先在本地区进行调查。他自己也参加调查，并为大会制定切合实际情况的方针政策作准备。二十日至二十九日，代表大会举行。毛泽东在会上作政治报告，指出闽西党的任务是巩固和发展革命根据地，同赣南红色区域连成一片，建立中心工作区域。并且论述了实现这个任务的三项基本方针：深入土地革命；彻底消灭民团土匪，发展工农武装，有阵地波浪式地向外发展；发展党的组织，建立政权，肃清反革命。
在毛泽东指导下，大会总结闽西土地斗争经验，通过《土地问题决议案》。这个决议比井冈山和兴国《土地法》又有新的发展：对大小地主加以区别对待，对地主也“酌量分与土地”；对富农土地只没收“自食以外的多余部分”，“不过分打击”；对中农“不要予以任何的损失”；“对大小商店采取一般的保护政策”；在土地分配上，以乡为单位，在原耕基础上“抽多补少”，“按人口平均分配”。会后，闽西在六百多个乡进行土地改革，约八十多万贫苦农民分得了土地。会议后期，毛泽东因疟疾病倒了，由上杭蛟洋转移到苏家坡。以后，又到永定县金丰山区养病。在这期间，红四军打破了闽粤赣三省国民党军队对闽西根据地的第一次“会剿”。
红四军攻克上杭县城后，在九月下旬召开中共红四军第八次代表大会，并致信毛泽东要他出席大会。据陈毅回忆，毛泽东回信说：我平生
