机不时地来瑞金沙洲坝轰炸，局势越来越紧。七月间，中央政府和中革军委迁到瑞金以西的背梅坑，毛泽东也搬往高围乡云石山一个大庙里居住。依据共产国际关于主力转移时开展游击战争以配合的指示，中革军委布置他写一本关于游击战争的小册子。经过将近一个月，他写成了约三万字的《游击战争》一书，共分三章。第一章《概论》，论述游击队的任务、组织以及游击队如何发展成为红军。第二章《游击战术》，论述游击队战斗动作的要则、袭击驻止和行动的敌人、破坏敌人的后方、对付敌人的“围剿”和追击、关于行军宿营给养卫生等事项。第三章《游击队的政治工作》，论述游击队政治工作的目的、游击队部队内的政治工作、游击队在地方居民中的工作、游击队破坏敌人部队的工作。他当时的警卫员陈昌奉回忆说：“有好几次主席让我把他写好的东西，连夜送下山去给周恩来副主席他们看。写的什么当时我们不知道。后来主席请人把写的东西抄清，用蜡纸刻出来，通过我们中央政府的发行科，发到了各个县和区。我们警卫班的同志因为参加印刷，每个人都留了几本学习。直到这时候，我们才知道写的是有关游击战争的战略战术问题。书里头好多事是主席领着我们粉碎前几次蒋介石‘围剿’时我们亲身经过的，也有好多事是主席在武阳镇、会昌、于都等地开调查会、走访群众时我们听说过的。”（42）到红军大转移时，这本书才下发到各部队。
在这段时间内，毛泽东的弟弟、国家人民银行行长毛泽民，来找他商量搬“秘密金库”的问题。这个金库是一九三二年四月毛泽东率领东路军在漳州缴获大批金条、银元等后建立起来的。毛泽东问道：“你们准备搬到哪里去？”毛泽民回答：“想搬到兴国一带去。”毛泽东说：“敌人已经到了藤田、东固、黄沙岭一带，你搬到兴国去怎么行？”停顿一会后又说：“我看还是立即分散，让部队自己管起来更好。你们研究研究看行不行？”（43）后来在转移时，毛泽民把金库中的大部分分给各军团保管使用，一部分专门组织连队押运，保障中央各机关的使用，在长征中发挥了重要的作用。
前线的战局越来越不利，东线和北线都被突破，西线也更加困难。打破敌军“围剿”已不可能，只剩下长征这一条路了。毛泽东心情焦急，向中央书记处要求到赣南省去视察，得到了同意。九月中旬，他带着秘书、医生和警卫班抵达赣南省委、省苏、省军区所在地于都。
此时，中共中央已着手准备西征到湘鄂西同红二、六军团会合，但没有向毛泽东透露。博古、李德还曾想不带毛泽东走。担任李德俄文翻译的伍修权回忆说：
“最初他们还打算连毛泽东同志也不带走，当时已将他排斥出中央领导核心，被弄到于都去搞调查研究。后来，因为他是中华苏维埃主席，在军队中享有很高威望，才被允许一起长征。如果他当时也被留下，结果就难以预料了。”（44）
毛泽东刚到于都，就接到周恩来的长途电话，要他着重了解于都方向的敌情和地形。他立刻召开各种会议作调查，还找那些从敌占区或刚被敌军占领地区过来的商人和其他人员详细了解敌人的动向。九月二十日，毛泽东急电报告周恩来：“信丰河〔下〕游从上下湾滩起，经三江口、鸡笼潭、下湖圩，大田至信丰河沿河东岸十里以内一线，时有敌小队过河来扰，但最近一星期内不见来了。”电报最后说：“于都、登贤全境无赤色戒严，敌探容易出入。现正抓紧西、南两方各区建立日夜哨及肃反。此复。”（45）这个电报为中央下决心长征开始时从于都方向突围，起了探路的作用。
连续的紧张工作和难以驱散的忧虑，使毛泽东病倒了，而且病得很重。高烧发到四十度，嘴唇干裂，两眼深凹，脸颊烧得通红。卫生员给他奎宁片、打奎宁针，高烧依然不退。警卫员吴吉清跑到省政府打电话向瑞金报告。红军医院院长傅连暲得知后，连夜骑马赶到于都，确诊他患的是恶性疟疾。经过精心治疗和护理，毛泽东的病情才慢慢好转。警卫员吴吉清回忆说：“直到第八天拂晓，我们刚刚想睡一会的时候，听见有人慢步走到床前来，温和地说：‘这几天，你们都辛苦了！’我们睁开眼睛，一看是主席，就着急地说：‘您病还没有好，怎么就起来啦！’主席笑着说：‘我好了！’”毛泽东刚能起床，就开始工作。傅连暲等一再劝告他再休息几天，他回答说：“局势很紧张，休息是做不到的！”
十月初，毛泽东接到中央“有特别任务”的秘密通知，要他立刻回瑞金。毛泽东骑马赶回瑞金，先到中革军委向周恩来等报告了于都的敌
