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由于战场实际情况的迅速变化，毛泽东在以后对这个计划又作过三次调整。
第一次局部调整，是在一九四七年三月六日和五月四日。修正的原因是：在二月下旬至三月上旬，华东野战军举行的莱芜战役已胜利结束，一举歼灭国民党军七个旅，主力正集结在胶济铁路一带进行休整；同时，李先念部大部分已脱离险境，安全渡过黄河，进入太岳解放区，另一部正在渡河中。在这种情况下，毛泽东改变了要华东野战军提早转入外线援助李先念部的计划，指示华野“大约本年内全部时间均可用于内线作战”。但规定晋冀鲁豫野战军五月挺进中原的任务仍没有变化。一九四七年三、四两月，南线的战场形势又发生两个重要变化：一是国民党军队把进攻重点改置于南线两翼的陕北和山东。进攻陕北的胡宗南军很快就陷入困境。二，处于南线中部的晋冀鲁豫战场上，人民解放军分别转入局部反攻，在豫北和晋南收复了大部失地。根据这一变化了的情况，毛泽东在一九四七年五月四日对南线战略进攻的部署作了进一步的调整：
“现在可以确定下列诸点：（一）刘邓、陈粟两军任务是协力击破顾祝同系统。（二）晋南（陈谢）、陕北两军任务是协力击破胡宗南系统。（三）刘邓军十万立即开始休整，巳东（六月一日）以前完毕。巳东后独力经冀鲁豫出中原，以豫皖苏边区及冀鲁豫边区为根据地，以长江以北，黄河以南，潼关、南阳之线以东，津浦路以西为机动地区，或打郑汉，或打汴徐，或打伏牛山，或打大别山，均可因时制宜，往来机动，并与陈粟密切配合行动；凡有共同作战之处陈粟军受刘邓指挥。（四）陈谢主力（四个旅）在现地待命，随时准备从下流或从上流渡河，受彭习指挥，歼灭胡宗南及其他杂部，收复延安，保卫陕甘宁，夺取大西北。”⑥
随后五月二十二日，毛泽东又电告陈粟谭等：山东方面，应“集中全部主力于济南、临沂、海州之线以北地区，准备用六七个月时间（五月起）六七万人伤亡，各个歼灭该线之敌。该线击破之日，即是全局大胜之时”。⑦
这样，就初步形成了晋冀鲁豫野战军独力先出中原，华东野战军在完成内线作战任务后再越陇海铁路东段进入苏皖边区作战，两军夹津浦路密切配合作战，以及陈赓部西进陕北，直接配合西北人民解放军作战的部署。
第三次修改是在一九四七年的七、八月间。这时面对的情况是：一，晋冀鲁豫野战军依照毛泽东“独力经冀鲁豫出中原”的决心，经过一个多月的准备后于六月底自豫北南渡黄河，在鲁西南地区转战一月，歼灭国民党九个半旅，揭开了战略进攻的序幕。国民党军正调集重兵准备在鲁西南狭小区域内同晋冀鲁豫野战军“决战”。二，为了粉碎国民党军在山东战场上集结重兵、集团滚进的部署，同时配合晋冀鲁豫野战军在鲁西南地区的作战，华东野战军按照毛泽东的决定，以五个纵队兵力分两路出鲁西、鲁南，以四个纵队留置鲁中正面。但七月份攻滕县、攻邹县、攻济宁、攻汶上、攻南麻、攻临朐，都打成消耗仗，没有达成预期的歼敌目的，战场形势十分严峻。三，陕北地区的军需尤其是粮秣供应十分困难。
针对形势的上述变化，毛泽东及时组织南线主力转入进攻的决心并没有改变，但在具体部署上又一次作了大的调整。
第一，将陈谢集团的进军方向从西进陕北改为渡河南下，挺进豫西：“为着协助陕甘宁击破胡宗南系统，同时协助刘邓经略中原，决将陈谢纵队使用方向改为渡河南进”，首先攻占陇海路潼关、洛阳、郑州段，尔后向豫西、陕南、鄂北进击，创建鄂豫陕边区根据地，作为夺取大西北之一翼。⑧
第二，刘邓指挥晋冀鲁豫野战军在略事休整后，下决心不要后方，大踏步南下，千里跃进大别山：“除扫清过路小敌及民团外，不打陇海，不打新黄河以东，亦不打平汉路，下决心不要后方，以半个月行程，直出大别山，占领大别山为中心的数十县，肃清民团，发动群众，建立根据地，吸引敌人向我进攻，打运动战。”⑨
