久即病重而搁置下来。
朱标视察返京后不久就生了病，在生病期间还向朱元璋上书关于筹建都城的事。
洪武二十五年（1392年）四月二十五日，朱标病死。
朱标死后朱元璋痛哭不已。
八月，将他祔葬在孝陵东侧，谥“懿文太子”。
建文元年（1399年），朱允炆即位后，追尊朱标为孝康皇帝，庙号兴宗。
靖难之役，明成祖夺位后复称懿文太子。
崇祯十七年（1644年），朱由崧即位后复称其兴宗孝康皇帝。
朱标病逝对朱元璋的打击非常大，也是大明朝最大的遗憾和损失！
朱标成年后就一直帮朱元璋处理朝政直到自己去世，他将自己治国理政的理念在小范围内付诸了实践，很多仍有借鉴意义。
朱元璋对于一些不法勋贵采取严厉的做法，朱标表示反对，劝说朱元璋杀人太多，恐怕会伤了和气。
洪武十三年（1380年），宋慎被牵扯进胡惟庸案中，导致宋濂一家遭祸，宋慎与宋濂其次子宋璲都坐法死，朱元璋想处死宋濂，经马皇后及太子朱标力保，才得免一死，徙至四川茂州安置。
据野史记载，朱元璋曾在征战中受伤严重，被敌兵追击的过程中是高皇后马氏背着他逃命。
马皇后死后，太子觉得从此失去与其父缓冲的余地，便将这一事件绘作图像，藏在怀中，以备不测。
后来朱元璋又大开杀戒，太子朱标劝谏说：“陛下杀人过滥，恐伤和气。”
朱元璋不作声，第二天故意把一条棘杖放在地下，叫太子拿起，太子面有难色，朱元璋说：“你怕有刺不敢拿，我把这些刺都给去掉了，再交给你，岂不是好？我所杀的都是天下的坏人，内部整理清楚了，你才能当这个家！”
太子说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”
这句话的意思是说：有怎么样的皇帝，就有怎么样的臣民。
朱元璋闻言大怒，拿起椅子就朝太子砸去，这时候太子怀中的马皇后画像就掉在了地上。
朱元璋看到马皇后的画像，感念马皇后而怒气得以消解。
朱元璋虽然很器重朱标，但二人总是意见不合。
不过与当年的汉武帝觉得子不类父有所不同的是，朱元璋和朱标一直都是父子矛盾，从未上升到君臣矛盾的高度！
