多种途径传播到欧洲、南美洲、非洲和东南亚，并在某个国家或地区留下该地区特有的菌种“血统”，而这种“血统”可以通过各菌种特有的单核苷酸多态性进行追踪。
通过这种方法发现，目前全美存在的626个菌株来自同一原始菌种，马达加斯加存在的82个菌株则来自另一菌种。研究人员制作了一幅谱系树图，标出从一个原始菌株开始随着时间推移发生的变异。图中显示，约728年前有一个菌种分支大量变异，与黑死病爆发时间相近。
黑死病是由鼠疫耶氏菌引起，主要是从寄生在老鼠身上的跳蚤传播到人体，患者的皮肤会因皮下出血而变黑。14世纪的黑死病爆发是人类历史上最严重的瘟疫之一，它改变了欧洲的社会结构，动摇了当时支配欧洲的罗马天主教教会的地位。
此外，鼠疫耶氏菌还引起了另外两次大规模瘟疫。一次是爆发于6世纪拜占庭帝国君主查士丁尼统治时期，持续了4个月，夺走君士坦丁堡近半人口的生命。还有一次爆发于19世纪后期的中国，当时瘟疫沿着从香港驶出的航线传播，于1900年蔓延至美国旧金山。研究人员还表示，导致1409年非洲地区黑死病蔓延的菌株分布地区，与郑和下西洋的路线吻合，推断该菌株是由混入船队中的老鼠传入的。
据报道，研究团队中的病理学家表示，虽然瘟疫来自中国，不过这与当时的中国人口并无关联，而是源自在中国土地上跑来跑去的老鼠等小动物。因为黑死病病菌对人类“没兴趣”，它们通常会寻找老鼠或土拨鼠等进行感染，让人类感染并死去属于“意外”。
据北京大学国际关系学院博士生孙力舟介绍，黑海之滨的克里米亚半岛上，曾有一个叫加法的被意大利商人控制的城市，它附近则是蒙古人建立的金帐汗国。而14世纪的黑死病源头，就是金帐汗国和加法之间的一场战争。金帐汗**队攻城不下，便将瘟疫患者的尸体用投石车丢入加法，将病菌带入城中，之后加法的船只又将病菌传到西方。金帐汗国是蒙古帝国的四大汗国之一，与元朝中央政府是附属关系，其领导人虽与元朝统治者有亲属关系，但金帐汗国并不属于中国，与中国本土也存在很大的文化差异。
此外，孙力舟还介绍，很多疾病的源头传说都在中国，其实不然，确切的说法应该是：中国保存了许多疾病出现的首次记录，因为中国有记述历史的传统，并保存了大量相关文献，现在许多国家的历史还需从中国人的记录中寻找线索。
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