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这次战争结束以后，使叶赫受到重创。叶赫虽从哈达得到一百九十九道敕书，但较哈达少一道，即南关五百道、而北关四百九十九道。更有甚者，叶赫东城的域墙，楼房均受到严重破坏，军民死伤惨重。这是继清佳努。扬佳努之后，受到明廷又一次沉重的打击。
且说布寨和纳林布洛又一次受到明廷抚顺关总兵李成梁的重创，元气再损；恰在这时，努力尔哈赤已统一建州女真。但叶赫二部长对建州的实力估计不足，在劫寨和谈判失败之后，纠合九部联军，发动古勒山之役。布寨在古勒山下丧身，纳林布洛多次派遣使者前往建州，索讨其兄布寨的尸体。努尔哈赤把尸体砍下一半，让使者带回。于是北关叶赫部与建州努尔哈赤便结下了不共戴天的仇恨。不久，素性刚暴的纳林布洛，因念兄仇，昼夜哭泣，不进饮食，郁郁成疾，后来死去。布寨子布杨古、纳林布洛弟锦台什继为部长。
万历二十九年（1601年），努尔哈赤的侧妃，叶赫扬佳努的幼女——孟古病危。思念其母，努尔哈赤派人前往叶赫部，恭请锦台什送孟古母亲前来建州，以便让其母女能在临终前见上一面。可是，锦台什执意不肯。只派孟古原来的乳母丈夫南泰前来探望。努尔哈赤对此大为不满，两部的关系又进一步恶化了。
三年以后，努尔哈赤对叶赫部实行报复行动，于万历三十二年（1604年）正月初八日，努尔哈赤亲自率领大军三千人，前去攻打叶赫部，连续攻下二城七寨，掠回叶赫部民二千多人，牛羊上万头。从这以后，两部之间冲突迭起，矛盾更加尖锐。
万历三十七年（1609年），努尔哈赤在统一海西三部之后，兵势很盛，便想一举扫平叶赫部。但他过高估计了建州的兵力，低估了叶赫部精锐骑兵的战斗力。当努尔哈赤及其弟舒尔哈齐兄弟统率建州兵全员出征叶赫部时，叶赫锦台什、布扬古两首领指挥本部骑兵出城列队迎战，两军相对，大战于旷野，战斗十分激烈。
因为叶赫的骑兵比建州的骑兵勇猛，建州的步兵比叶赫的步兵善战，两军互有长短。在一般情况下，建州兵畏惧叶赫骑兵。今天，叶赫兵正是以己之长，攻建州兵之短。经过一番厮杀，建州兵抗不住叶赫轻骑的冲击，纷纷溃败。努尔哈赤一时不能左右战局，叶赫骑兵紧紧地随后追杀，以致大败而归。舒尔哈齐中箭负伤，族众多人战死，兵将死伤过半，甲胄、器械几乎全部损失。回到佛阿拉，努尔哈赤大为恼怒，决意报复。他立即命令工匠日夜打造兵器，下令征调洪丹、土乙其等五个部落的士兵，以备十月再战。
再说叶赫部长锦台什、布扬古，他们深知努尔哈赤不会就此罢休，遂把建州将再次出兵报复的事报告给明廷。辽东官兵鉴于叶赫部的恳求，又联合蒙古各部，想进行干涉。努尔哈赤得到消息之后，不得不转攻为守，将兵力全部集起来，布防在赫图阿拉以外三十里的叆阳、宽甸以及西部抚顺一线，增设路障，以防敌兵的偷袭。正在这个时候，建州内部有个额驸，即乌拉部满泰的孙子，暗通叶赫与明廷，准备内应，被努尔哈赤破获。经过认真审讯，将所有的参与者，一网打尽，全部斩首示众。在内外矛盾重重的情况下，努尔哈赤加意防守四十多天，只好暂停对叶赫部的争战，命令士兵各归田里。
再说建州与叶赫的军事冲突刚刚平息，叶赫布扬古又向努尔哈赤发出挑战的信号。且说那婚途极为坎坷的绝色美人——原布寨之女、布扬古的妹妹布喜娅玛拉，尽管努尔哈赤早在万历二十五年已送去了聘礼，并已得到布扬古答应这门亲事，由于建州与叶赫的矛盾冲突，布扬古一再悔婚，先是答应哈达猛格布禄的求婚，后又答应辉发拜音得里的求婚，再后又主动许配给乌拉的布占泰，但是，随着哈达部、辉发部、乌拉部的灭亡，这位当代美女的婚姻也跟着一变再变。现在，布扬古又把布喜娅玛拉许配给蒙古援兔的儿子名叫吉赛的。这使努尔哈赤怀恨尤深。
万历四十一年（1613年），统兵灭掉乌拉部以后，乘布占泰投奔叶赫的机会，以叶赫梅婚，藏匿布占泰为借口，先后三次与叶赫部斡旋。同年九月六日，努尔哈赤又亲自统率大军四万人，前去突袭叶赫部。由于叶赫事前没有得到消息，未能做好准备，先后有津城、吉当阿城、乌苏城、雅哈城、赫尔苏城和敦城、喀布齐赉城、鄂吉岱城等大小共十九座城
