并用，先后逐一征服东部漠南蒙古。努尔哈赤曾说过：蒙古与咱们女真，语言虽各异，而衣饰风习，无不相同，是兄弟关系。他为了夺取明朝江山，又深感兵力不足，征抚蒙古以后，可以扩大兵源基地，又能稳定了后方，这是一举多得的事情。
在明朝的后期，蒙古已逐渐形成三大部：生活在蒙古草原西部直至准噶尔盆地一带的漠西厄鲁特蒙古；生活在贝加尔湖以南。河套以北的漠北喀尔喀蒙古；生活在蒙古草原东部、大漠以南的漠南蒙古。同明朝汉族聚居地带近邻的漠南蒙古，西北有游牧于黄河河套地区的鄂尔多斯，正北有住牧在山西偏关边外的归化城土默特，东北则有蓟辽边外的喀喇沁、察哈尔、内喀尔喀和科而泌等部。漠南蒙古东西诸部，介于明朝和后金之间，其中有的部同建州接壤，因此建州最早与东部漠南蒙古诸部发生政治联系。
努尔哈赤征服漠南蒙古，先从科尔沁部开始。漠南蒙古的科尔沁部在喜峰口外驻，牧于嫩江流域。它东西相距八百七十里，南北相距二千一百多里。它东邻乌拉，东南靠叶赫，西南面是扎鲁特部，南边是内喀尔喀部，北面是嫩江上游地区的索伦部。科尔沁部原是元太祖弟哈萨尔之后，与察哈尔部长期以来不和睦。早在明朝嘉靖年间，察哈尔部长别勒台尔听说科尔沁部长铁木库泰尔有个妹妹名叫娜喇祐尼长得美艳无比，就派个使者往科尔沁部想聘为妻子。使者来到科尔沁，向铁木库泰尔提出聘婚一事。谁知娜喇祐尼已名花有主了，早已许配给叶赫部长，不久将要迎娶。
别勒台尔听使者报告以后，十分恼火，他说道：“不嫁给蒙古人，却要嫁给那叶赫女真人，真是吃里扒外！”本来察哈尔部与科尔沁部曾发生过磨擦，科尔沁兵力弱些，察哈尔兵力较强。科尔沁就与邻近的叶赫、乌拉结盟，来对抗察哈尔的侵扰。所以别勒台尔非常生气，就与部下商议，准备派兵去偷袭科尔沁，把娜喇格尼强抢回来，以泄心中之恨。不久，别勒台尔亲自带领一千骑兵，日夜兼行，赶到科尔沁部。乘着夜色，突然攻杀进去。科尔沁部没有准备，铁木库泰尔仓猝应战，差点送了性命。别勒台尔大获全胜，把娜喇祐尼拖抢到察哈尔部。当晚，别勒台尔细看娜喇佑尼，姿色并非美艳，仅是一般佳丽。遂留下过了两月多一点，又派专人把娜喇祐尼送回科尔沁。此事激起科尔沁人的愤怒，铁木库泰尔随即派使者到叶赫、乌拉借来两千兵马，又把科尔沁的五千兵马集中起来，遂去偷袭察哈部。
那天夜里，别勒台尔正搂着妻子睡觉，忽听外面喊杀声骤起，还未来得及穿上衣服，就被涌进来的科尔沁人刺死在床上。科尔沁大肆烧杀掳掠，察哈尔损失惨重。以后，别勒台尔儿子承继职位，名叫别勒脱脱尔。从此，两部之间便结下不共戴天的仇怒。两年以后的一天夜里，察哈尔又以同样方式，偷袭了科尔沁部，也把铁木库泰尔杀死，将科尔沁洗劫一空。后来铁木绰尔承继科尔沁部长，这两部之间相互仇杀，一直持续了几十年。明朝万历年间，科尔沁部长明安带领部民，建筑垃土佛杰尼亚城，才逐渐安定下来。察哈尔部也建造城池，防止科尔沁的偷袭。于是两部相对稳定一段时间。
科尔沁部明安部长，于万历二十一年受叶赫部之邀，率领兵马，同叶赫、哈达、辉发、乌拉锡伯、封尔察、朱舍里、纳殷共九部之师，直指建州。先去攻打赫济格城，一天没有攻下来，遂陈兵古勒山。战斗打响后，九部兵大败，科尔沁部长明安被追得骑裸马，尴尬地逃回，差一点送了性命。经过反省，明安部长纠正了以前与建州不接触的政策，主动邀约了喀尔喀五部派遣使者到建州去，以示道歉。努尔哈赤的对外政策，一向灵活多变，他见蒙古科尔沁派遣使者前来通好，也从总体斗争利益出发，不计较科尔沁帮助叶赫出兵的旧怨，亲自接见使者。他对使者说：“建州与蒙古之间没有根本的利害冲突，至少当前是这样。咱们为啥不可以遣使通好呢？你们帮助叶赫派兵打建州，结果怎样？老天爷不支持你们的行动，因为九部之师悖天逆理。滥杀无辜的行为，必然招致失败的结局。俗话说：”一朝为恶而有余，终身为善而不足。‘咱们不计前嫌，因为四海之内皆兄弟也。“
努尔哈赤的一段话，说得冠冕堂皇，使者哑口无言。于是建州同意与蒙古诸部弃旧怨，结姻盟。万历四十年（1612年），努尔哈赤听说科尔沁明安部长的女儿博儿济锦氏颇有丰姿，遣使欲娶之。明安部长遂绝先许之婿，送其女来。努尔哈赤高兴万分，以礼亲迎，大宴成婚。当时他年已五十四岁，博尔济锦年方一十八岁。喝完喜酒，努尔哈赤迈着虎步，走进洞房，见那新
