最糟的是，中国士兵没有一点凝聚力和目标感。在一份关于南京形势的战斗报告中，一位中国军官指出，只要占领一个地方，他们情愿无所事事，也不会主动帮助附近正在与日军作战的其他部队。指挥官也并不表现得更好。报告评论说，他们互不信任，因此，日军得以从一个地区运动至另一地区，将中国军队一个一个地击败。
12月9日，日本飞机开始在南京附近撒传单，传单是由日军三个将军之一的松井石根起草。传单写道“保护无辜平民和文化遗迹”的最好方法是投降。传单说，日军将“冷酷无情地对待反抗的人”，但是将“善意和慷慨地对待非军事人员和不对日军采取敌意的中国军队。”传单要求，南京城在24小时内，即第二天中午投降。“否则，将使用所有的战争恐怖手段。”
在公开场合，唐生智对最后通牒的条款表示愤慨。他把传单摔在地上，向所有部队发布了两条命令。第一条命令是严禁部队撤退。命令说：“我们的军队必须为保卫前线的每一寸土地而战。”“任何不服从命令而撤退的人，将严惩不贷。”第二条命令严禁任何军事部门私自使用船只渡江。如果任何军事单位拥有船只，应将其交回运输部门。唐指定第79军为负责指挥及处理运输事务的单位，并警告将船只用于私人目的任何军事人员都将受到严惩。
但是私底下，唐生智在谈判停战。尽管他当初承诺要战斗到最后一个人，但他似乎更渴望能避免在城内进行决战。支持这一立场的是还滞留在城内的少数美国人和欧洲人。我们在以后还要更多地了解这些无私的个人，他们决定留在南京的目的是想给予力所能及的帮助，建立南京安全区国际委员会。他们所做的第一步是在城区设立警戒线，圈定一个区域，宣布其为南京安全区或是国际安全区，安全区应理解为：在两英里半的安全区内的任何人，无论中国人或非中国人，脱离与日本人的接触。此时，他们为拯救生命做的最后努力是尽力要安排停火。他们的计划是建议停火3天，在此期间，日本军队可以保留他们已占据的位置，和平地进入南京城，同时中国军队撤出南京城。唐生智同意这个停火建议，并请求委员会通过美国大使馆将他的口信交给蒋介石。这个计划由美国炮舰“帕奈号”上的无线电传达给蒋总司令。蒋立即予以拒绝。
12月10日，日本人等待南京城投降。中午，两名日本参谋站在东墙的山门外，观察中国政府是否会送出举着停火旗帜的代表团。在知道没有人出来后，日军最高司令官命令猛烈炮轰南京城。
在以后的几天里，中日军队围绕着南京城进行了激烈的战斗。日本人向城市投炸弹，用重炮轰击城墙。唐生智后来在一份又长又乱、充满绝望的电报中向蒋介石说明了界碑和城门附近的严峻形势：
从12月9日至11日，日军三次强行进入光华门，第一次教导总队打退了他们，然后156师又奋力将其打退，杀死许多敌兵，守住了城门。自11日始，坏消急频频从雨花台一带传来，安德门、凤台门已落入敌手，遂立即命令88师缩短战线，与74军。 71军合作，并速调154师增援。
但是更坏的消急在等着唐生智，而且这次的坏消息不是来自敌人的胜利而是来自蒋本人。12月11日下午，顾祝同将军打电话到唐生智办公室。顾祝同通知唐生智，蒋介石命令大批撤退唐的军队。唐生智自己应立即赶往浦口，这是从南京渡长江的摆渡渡口和火车终点，另一位将军等在那里接他到安全地区。
唐生智表示震惊，要求他抛弃自己的军队，这对任何一位领导人都是不能接受的选择，除丁这一事实之外，他还有另外一个实际间题——他的部队此时正在鏖战之中。他告诉顾祝同，日军已经突破了中国军队的前线；有组织的撤退已经不可能了。紧急撤退会变成一次大溃败。
“我不能顾虑这些，”顾祝同说，“无论如何你必领在今夜撤退。”
当唐生智冉次详细解释突然而急速的撤退可能造成的后果时，顾祝同提醒他，是蒋亲自下命令要他“今夜渡江”。顾告诉唐，如果有任何问题，可以留给部下去处理，但是“你必须在今夜渡江。”顾重复说明。
“不可能”，唐生智说。他有可能渡长江的最早时间是第二天夜里。顾警告他要尽快地离城，因为与敌军作战的形势越来越紧迫。
这天下午，唐接到蒋重申命令的电报：“唐总司令，如果不能维持形势，就应该抓住机会撤退，为今后的反攻保存和重组（军队）。——中正，11日。”这天晚些时候，悲愤的唐生智又收到第二封蒋
