在他所得知和热爱着的周围的文明世界即将倒塌崩溃之时，竭力松弛着自己的神经。他知道交通部大楼已全部被焚毁，这个城市随时都会陷落。拉贝恢复着自已的信心，相信从这以后事态只会变将越来越乐观，而不是越来越坏。他的一个中国同事曾经告诉他：“你不用害怕日本人。他们一被管这个城市，和平和秩序就将恢复——通向上海的铁路干线将很快重建，商店将会恢复他们的正常营业。”入睡前拉贝的最后一个念头是，“感谢上帝，最困难的时刻过去了！”
第二天一大清早，拉贝被另一次空袭惊醒。显然不是所有的中国军队都撤离了南京，当时刚刚早上5点，于是他又躺下了。像这个城市里的许多人一样，拉贝已经被空袭整得疲惫不堪，以至于轰炸再也不能像扰他了。
那天上午晚些时候，拉贝仔细察看了全城被毁坏的情况。道路上横七竖八地躺着大量中国人的尸体，他们中的许多市民是被从后面射来的枪弹击中的。他目睹一队日本士兵排队前进，进入一间德国人开的咖啡馆。当拉贝指着房上悬挂的德国国旗，指责他们的强盗行径时，一个操着英语的日本士兵高声说：“我们正挨饿呢！如果你要报怨的话，去日本大使馆好了。他们会付帐的！”这些日本士兵还告诉拉贝，他们的军需物资供应队还未到达，即使到了他们也不指望从供应队那里获得任何给养。后来拉贝得知那些士兵洗劫了咖啡屋，然后放火烧了房子。
更糟糕的在后头。从远处，拉贝看见日本军队正在从南京的南部向北那挺进，以占领其余的地区。为了避免烧上他们，拉贝立刻驱车向北赶往南京的主要街道中山路，他将车停在外交部的红十字医院外。中国医护人员已逃离了医院，伤亡人员躺得到处都是——躺满了屋子、走廊，甚至挡住了医院的出口。
那一天拉贝还遇上了一批中国溃兵，这些饥饿和疲惫的散兵们无法渡过长江撤退以求保命。开车经过山西路环岛时，他碰到了一支约400人的中国部队。他们荷枪实弹，正沿着日本军队推进的方向前进。也就是这时，拉贝有了一种突然的“人道主义冲动”，这在以后的几个月里始终萦绕在他的心头。拉贝提醒他们日军正从南部朝这里推进，建议他们放下手中的机关枪，加入到安全区的难民中来。经过短时间的商量，他们同意随拉贝进入安全区。
同样地，当数百名中国士兵发现白己陷在城市北部，无法渡江撤退时，许多人闯入了安全区，请求欧美管理者们救命。安全区委员会成员们拿不定主意该不该帮助他们。毕竟他们创立这个安全区是作为平民的避难所，而不是收容士兵的。委员会试图与日军司令部取得联系，以解决这种左右为难的状况，但只是在汉中路遇见了一名日本上尉。
委员会最终被士兵们的处境所打动，在他们的恳求下让步了。像拉贝一样，委员会成员告诉这些士兵，如果放下手中的武器，日本人会仁慈地对待他们。然后他们协助士兵们解除了武装，井将他们安置在中立区内不同的房子里，在混乱中，许多中国士兵脱下军装，混在安全区的难民之中。
第二天，约翰·拉贝写了一封长信给日军指挥官，解释说明当前的情况。他恳请日本人宽恕这些中国士兵，并根据公认的战争法律规定，本着人道主义的原则对待他们。使拉贝大为欣慰的是，一名日本军官向他许诺，这些中国士兵将免于一死。
但是当日本人违背诺言，把这些手无寸铁的中国士兵拖出去杀害时，拉贝的这种慰藉变成了恐怖。如果拉贝还寄希望于日本人不能从成千上万的难民中找出那些士兵来，那他就是大错而特错了。日本人通过翻查手，几乎把每一个士兵都挑了出来，因为他们知道每天被用枪支会在士兵手指的某个部位留下茧子。他们还检查每个人的肩膀上是否有扛过枪的痕迹，前额和头发下面是否有戴过军帽的压痕，甚至还检查脚上是否有因数月行军而起的水泡。
12月14日晚的一次工作会议上，委员会获知日本人己经把捕捉到的1300人聚集到总部附近的一块空地上，准备枪杀他们。“我们知道确有一些原中国士兵在难民当中，但是拉贝那天下午曾经从一个日本军官那里得到许诺，这些士兵将免于一死。”基督教青年会代表乔怡·菲奇在其日记中写到这一事件。“现在看来再明显不过了，日本人要干什么。这些人被排列两行，以100个左右为一队用绳子紧系在一起，由上了刺刀的士兵看押着；那些戴着帽子的人被士兵粗鲁地扯下帽子摔到地上——然后，借助于照明灯的光亮，我们看着他们走向了死亡。”
后来，拉贝提到他在安全区收留中
