死于战争。
沃特林仍拒绝与其他美国人一道撤离南京，于是美国大使馆借给她一面崭新的9英尺的美国国旗，铺在金陵女子文理学院绿草如荫的西方院子的中央，以确保校园免遭日本飞机的轰炸。使馆工作人员还给她和其他国际委员会成员们提供了用长长的绳索结成的梯子，告诉他们，一旦“帕奈”号载着美国大使馆官员撤离南京，中国军队关闭所有城门之后，他们逃走的唯一希望就寄托在借助绳梯翻越城墙了。
但是沃特林根本没有时间去考虑逃跑。大多数教员离开南京（许多人放弃了他们的家园逃往上海、成都和四川〔其他地方〕等地），沃特林成了学院的代理院长。她辛勤地工作着，把女难民安顿在校园里，帮助伤兵们撤离该地区。为了掩护这些中国士兵的真实身份，她在学院的焚化炉里烧毁了他们的军人证件和军服。在她的指挥下，家具都搬进了顶楼，仓库被腾空，宿舍打扫得干干净净，贵重物品全用油布包好藏了起来。与此同时，又把南京安全区专用的海报、招牌和袖章分发给每一个志愿者。有人委托沃特林缝制一面27英尺长的美国国旗，但是那个中国裁缝无意中犯了个错误，没有把饰有星星的蓝色的那块放在上边，相反却误将其放在了左下角。
到12月的第二个星期，金陵学院打开大门接纳妇女们和孩子们。成千上万的人涌了进来。难民们以每天1，000人的速度经过南京。他们中的许多人精疲力尽，神智恍惚，饥肠辘辘，走进安全区难民营时身上只剩下衣服了。“除了吃午饭时，今天从早晨8点30分到晚上6点，当难民往里涌时，我一直站在门口，”她接着写道，“许多妇女的睑上充满了恐惧——昨晚是南京城可怕的一夜，许多年轻的妇女被日本兵从她们的家中强行带走。”
沃特林允许年轻妇女和孩子们随便进入校园，但恳求年长一些的妇女呆在家里以便给年轻些的女子留出地方。没有人听从她的劝告，许多人只求能在草地上有一块刚够坐的地方就行到12月15日晚上，金陵学院难民营的人数已经达到3万多人。
第二天日军士兵冲击了该学院。12月16日上午10点钟，100多名日本兵闯入校园到处搜查隐藏着的中国兵。他们命令打开每一扇门，如果有一把钥匙没有马上拿来，日本兵便站到一旁准备用斧子把门强行劈开。一想到日本人会发现藏在楼上地理系办公室里的几百件棉军服，沃特林的心立刻沉了下来，但庆幸的是，那间挤清了200名中国妇女和孩子的顶楼转移了日本兵的视线。（沃特林后来将军服全部埋藏起来以免被日军发现。）
那天日本人两次要抓走校园里的雇工。如果不是沃特林大叫着“他们不是士兵——是苦力”把他们救下来，肯定他们必死无疑。到后来沃特林才知道，日本人至少在校园里安置了六挺机关枪，外边还有更多的士兵把守着，随时准备射击任何企图逃跑的人。
那个晚上，沃特林在街上看到妇女们绝望地哀叫着，被日本兵用车拉走了。一辆装载了8…10名女孩的卡车从身旁驶过时，她听到女孩们尖叫着“救命！救命！”
第二天，即1937年12月17日，情况变得更糟了。日本兵大量涌入南京后，成群的越来越多的妇女躲进了金陵学院。“那情景实在太令人惊心动魄了！”沃特林写道，“疲劳的妇女，受惊的女孩子，她们带着孩子、被褥和小包衣服，步履蹒跚地走着。”她想，如果有人能有时间把每一位难民的经历记录下来该有多好——尤其是那些涂黑面庞，剪掉头发的女孩子的经历。当她在安置这群“样子凶暴的妇女”时，听说日本人强奸的女人年幼者仅12岁，年长者达60岁，他们甚至用刺刀强逼着怀了孕的妇女就范。沃特林整夭时间都为难民们寻找食物而苦恼，要求一部分中国男子到安全区其他的难民营中，还要跑去查看校园里被日本兵搜查过的地方。
那天晚上等待沃特林的冲突是她事先毫无准备的。两个日本兵正使劲地拉中央大楼的门，他们命令沃特林立刻把门打开，可她坚持说自己没有钥匙而且里面根本没有中国兵，一个日本兵打了她一记耳光后，还顺手打了她旁边的一个中国男子。随后她看见两个日本兵从学院里带走了3名被捆绑着的雇工。她跟着他们到了前门，日本人强迫一大群中国人跑在马路边上。日本人要求与院长说话，当得知沃特林便是时，他们命令她辨认每一个跪在地上的人。有个男子想帮助沃特林，替她求情，因此竟被狠狠地抽了个耳光。
在这次痛苦的经历中，国际委员会有3位成员被揪了出来，他们是：基督教青年会秘书乔治·菲奇；金
