1938年新年那天，沃特林救下一名被日本兵拉进图书馆北面竹林中的少女。有好几次她的英雄行为差点要了她的命。许多日本兵对她“凶狠而无理”，还挥舞着被鲜血染红的刺刀。沃特林写道：“有些情况下他们对我充满挑衅并且怒目相视。”有一回，当她试图阻止日本兵抢劫时，其中的一个士兵竟拿枪瞄准了她。
在与日本人斡旋时，沃特林有时也犯错误。正如拉贝与国际委员会其他成员被日本人欺骗而交出些男人被他们处死一样，沃特林也曾被诱编将无辜的妇女交到了日本兵手中。12月24日，沃特林被召到她的办公室去见一位日本高级军官及一名年老的翻译。他们与她商量日本军队需要妓女的事。“他们要求准许从我们的1万名难民中挑出妓女，”沃特林后来在日记中记录了这次会面。“他们说需要100名。他们认为，如果他们能为士兵开一家正规的特许的妓院，那么这些士兵就不会再去骚扰无辜和正派的妇女了。”
奇怪的是，沃特林答应了他们的请求。或许她别无选择，或者也许她真的相信日本人的话。一旦日本人为其士兵设立了妓院，他们便会停止骚扰难民营中的未婚女子和正派的己婚妇女了。无论这一决定的背后隐藏着什么原因，可以确定的一种设想是，沃特林是迫于压力而作出这一决定的。当日本人找寻妓女时她在一旁等候着，过了很长一段时间后，他们终于挑到21名妇女。沃特林没有说起日本人如何能分辩出这些妇女是妓女，但她的确提到，日本人对这一结果并不满意，因为他们确信有更多的妓女藏在安全区的某个地方。“一群接着一群的女孩子问我，日本人是否要从正派的女孩子中挑出另外的79人——而我所能回答的仅仅是，只要我有能力阻止的话，他们不会这样做的。
南京城陷落一周后，日本人开始有计划地管理安全区的活动。日军宪兵司令发表了一份公告，从12月24日起生效，命令全体市民要从日军发证办公室领取身份证（也叫“良民证”）。禁止任何人替他人代办身份证，禁止没有身份证的人居住在南京城墙以内。日军在街道上张贴告示，通知市民去登记，否则便面临被处决的危险。
12月28日，登记男人的工作开始进行。他们在金陵学院排成四行，领到表格后，便走到位于校园东北角的一幢房子内，在日本人这里登记他们的姓名、年龄以及职业。沃特林注意到，来登记的男人主要是老人或残疾人，因为大多数年轻男子已逃离了南京或是已经被杀掉了。在登记的那些人当中，更多的人被认为从前当过兵而被拉了出来，剩下老人和妇女们跑在安全区领导人面前哭泣，乞求他们为释放他们儿子或丈夫作保。有几项安全区领导人达到了目的，但他们也注意到，日本人对其千涉表示出愈来愈强烈的不满。
日本人对来登记的人数很失望，便试图恐吓老百姓胁迫他们顺从。12月30日，他们宣布所有第二天下午2点之前仍未登记的人将被枪毙。“事实证明这不过是虚张声势，”一名传教士记录了这个事件，“但是它令人们非常害怕。”第二天早晨，大批男子顺从地出现在登记地点，他们中许多人凌晨3点便起床以确保能排上队。“日本人的严厉苛刻的威胁引起如此之恐慌以至于到1月14日日本当局成功地登记了至少16万人。
接着，妇女的登记工作开始进行。12月31日上午9点，数千名中国妇女聚集在金陵学院的中央大楼前面，一名日本军官在那里向她们训话。先是用日语、然后由一名翻译译为汉语：“你们必须遵从古老的婚姻习俗，”沃特林记得他这样说，“你们不应学英语或者去看戏。中国和日本应该是一个国家。”随后妇女们排成两列纵队，通过为出售大米而准备的架子，在那儿发给她们证件。沃特林看到日本兵像放牲畜一样驱赶这些妇女，有时还把印章盖在她们的面颊上，似乎这令他们非常开心。日本兵还强迫妇女们微笑和做出高兴的样子以供日本记者和摄影师拍照，即便只不过是一次登记，却实在是把一些妇女吓病了。
在沃特林看来，日本人登记中国妇女不过是想全面地挑选出最富吸引力的女子发作为供其强奸候选人而已。就在妇女登记的第一天，日本人仔细检查了安全区的某些妇女并企图将他们带走。他们挑出了20名女孩，无疑是作妓女之用，因为她们的头发是卷曲的，或者穿得太好了。但这20人都被释放了。沃特林后来写道：“因为有一位母亲或其他的什么人替她们担保。”
登记结束后，日本便试图取缔安全区。1月底，日本人宣布他们要求所有人在月底前回到各人住处。2月4日是撤离安全区
