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学术界的掩盖手段
日本学术界很少有人研究南京的暴行。有人说，此事过去时间并非久远，还不值得去进行历史研究或是让历史学家去评判日本的错误。一些人甚至对批判日本战争罪行的作法表示愤怒。（有人激动地说，“我们究竟要为我们犯过的错误道歉到什么时候？）
其他一些学者则充当了日本的道歉者，甚至还与日本保守的极端民族主义者联手，共同压低南京大屠杀的影响及死亡之数字。东京大学教育学教授，藤冈信胜就是一位著名的篡改者，为了扭曲南京暴行的历史和二战史上的其他方面内容，……进行了狂热的行动。在其煽动性的声明中，……认定：南京暴行中的死亡人数远远低于中国人所声称的数字；南京大多数死者是游击队员，不是平民；日本军队的亚洲性奴隶，或称“慰安妇”，都是些普通的妓女。……将那些妇女得到的经济赔偿比做是：“摸彩票中了奖，还要求日本政府收回对这些妇女的道歉，并在日本的历史教科书删去与他们有关的内容。
在日本，对南京暴行进行严肃的研究，基本上是由那些在传统的学术界之外的人进行的，比如自由撰稿人和记者等等。工厂工人小野宪次就是一个典型的例子。1988年，他开始采访附近的一些农民，这些人曾于南京暴行期间在若松师团服役。小野是个单身汉，因为工厂每次轮休有36个小时，他又没有家庭责任，所以有时间全力投入这项工作。据报道，6年以后，小野已经访问了大约600个家庭，采访了200人，从30多本日记中影印了20多本，把他与7个人的谈话做了录音。他的一些发现发表在《金曜日周刊》周刊上，被赞誉为是第一个完全采用日本本国的资源对南京大屠杀进行研究的成果。或许小野最后会就南京大屠杀出版一部重要的书，但与此同时，他却生活在可能会遭到报复的阴影之下。由于担心成为日本右翼狂热分子的袭击对象，小野甚至拒绝拍照。
自愿承担的审查
日本审查制度破坏教科书的行为不仅是仅仅由政府做出来的，媒介为了保护自己，也运用了审查制度。私人机构的自我审查微妙而诡秘，难以使人察觉，因而往往比政府的审查制度更为阴险。
日本的电影发行商在电影《末代皇帝》中对南京暴行的镜头所作的手脚，明确地说明了日本自我审查的存在。1988年，日本富士电影发行公司从伯纳多·贝托鲁奇这部关于溥仪生平的影片中剪去了30秒描写南京暴行的镜头。贝托鲁奇知道此事后，当然十分愤怒。他说：“在未经我授权甚至没有告知我的情况下，日本发行商违背了我的意愿，将'南京暴行'的全部镜头剪掉了。他们还对新闻界说，我与制片人杰里米·托马斯早就打算肢解这部电影”，贝托鲁奇声明：“这种做法完全是错误的，令人厌恶。”
贝托鲁奇的强烈抗议迫使发行商们马上恢复了被剪去的镜头。发行商为他们的行为找了很多借口。富士电影发行公司的负责人久保谷，为该公司行为造成的“混乱和误解”道歉，他解释说，他的公司只是认为影片中南京的镜头“太惊人了”，不宜在日本放映。他说，“剪这部影片是我们自己的决定。我们没想到它会成为这么大的问题”。该公司另一位发言人，斋藤告诉记者，剪去这些镜头是“出于对日本观众的尊敬”。一位日本的电影评论家中根猛彦分析认为，决定剪去这些镜头是源自于发行商的胆小以及极端民族主义分子的暴力威胁。这位评论家告诉记者，“我相信这部电影的发行人和许多剧场主是担心右翼组织会在剧场外闹事，”他还说：“一些这样的人还在认为，日本在中国和二战期间的行为是圣战的一部分”。
关于南京大屠杀的辩论
日本有勇气写关于南京暴行的书的人，常常面临冷酷无情的攻击。这里以洞富雄和本多胜一为例。洞富雄是早稻田大学的日本史教授。1966年，为了调查日本人在中国的暴行，他访问了中国。后来，他出版了几部研究南京大屠杀的著作。本多是《朝日新闻》的一名获奖记者，他打破了日本新闻界反对讨论南京大屠杀的禁忌，分别于70年代和80年代访问中国大陆，采访幸存者。他的调查结果首先在《朝日新闻》和其他杂志上发表后来汇编成书。洞富雄和本多都作出结论：在1937…1938年间，日本士兵在南京杀害了大约30万人。
他们两人在日本都遭到了猛烈的恶毒攻击。对洞富雄和本多进行恶毒的一个批评者是
