军队屯垦和以谪徙民，与越杂处之持久战和移民同化的策略。
屯垦和移民战术是控制百越地区最有效的方法，但见效慢，至少须五六年时间才能初见成效。由於当时秦始皇已消灭六国，故有充分条件迁移关东六国的新黔首（即所谓中县之民）往百越地区移民戍边。
对於这些新黔首，秦始皇及秦国官吏根本不把他们当人看，把他们留在百越地区，与越人杂居，对秦始皇说有双重好处：一是消灭了六国乱民或惰民；二是稳定了百越地区。
公元前214年（秦始皇三十三年），自下诏徵发尝逋亡人、赘婿及贾人等往百越地区后，秦始皇认为岭南粗定，故在当地设置桂林、南海及象郡三郡。次年始皇又下令贬谪执法不公的狱吏戌守百越地区。
自秦王政20年令屠睢攻百越，至秦始皇33年岭南粗定，对百越地区的战事共进行了十三年。
尽管百越地区粗定，令岭南地区自此纳入中国版图，但秦国却为此付出极其沉重代价，长期的征越战事导致百姓靡敝，民不聊生，而时任南海尉的任嚣得悉朝廷因对越战事的缘故，中原疲敝已极，就留居南越，称王不归，并派人上书，要求朝廷徵集无婆家的妇女三万人，来替士兵缝补衣裳。秦始皇只同意给他一万五千人。於是百姓人心离散、土崩瓦解，密谋造反的十家有七。
另一方面，移民戍越的黔首，多数出身自六国故地，他们为了逃避戍越，纷纷逃入深山密林，沦为盗贼，从而成为始皇薨后，六国故地相继叛乱的导火线。
为寻求长生不老之药，派方士徐福率童男女数千人渡东海求神仙，耗资巨大。（《楚义六帖》指徐福和童男女们在到达目的地（即现时的日本）之后一去不返，日本重臣秦氏为其后代。不过参考《史记》与《三国志》可知，此一说法在东汉之前并未出现。至於徐福即为神武天皇说，则除了年代不合之外，更是毫无文献可考。）
