份“清君侧计划”也是起非常重大的案件。但是，戴笠并没有马上组织人员进行追查，而是经过缜密的考虑后决定暂不打草惊蛇，只是由军统局的特检处加强了对第六战区长官部以及在陆军大学深造的那批青年军官的监视，以便获取更多的证据。虽然，军统局里清楚戴笠与陈诚之间恩怨的人再三催促戴笠及早下手，但戴笠认为时机还没有成熟：其一，军统局对这批人的军事行动计划没有完整掌握，难以对其性质作出正确的判断；其二，参与“清君侧计划”的中坚分子只是些参谋幕僚人员，并不是具体带兵的军官，而且主要矛头又不是指向蒋介石；其三，尚不清楚陈诚是否牵连在内，在没有抓住陈诚的把柄之前出击，反而会给陈诚以脱身之机最终功亏一篑。尽管军统局的监视活动一刻也没有停，并且“清君侧计划”的密谋活动仍在紧张的策划之中，但由于这些年青军官组织工作做得相当的严密，在相当长的一段时间里军统局没有搞到更多的情报和证据。然而戴笠也不急躁，他知道对这起案件是必须要有耐心和时间的。
果然，戴笠的耐心，最终让他等来了时机。
一九四三年二月，蒋介石命令成立“中国远征军司令长官部”，由陈诚出任中国远征军司令长官。陈诚出任后，从第六战区司令长官部带了一大批人员到云南楚雄组建中国远征军司令长官部。这样，原来一些策划“清君侧计划”的青年军官渗透进了中国远征军司令长官部，而且在这里继续进行计划和组织实施行动。在不长的时间里，年青的军官们已经拟就了“清君侧计划”的组织章程和行动计划，并决定把行动时间定在一九四三十二月十二日，这天刚好是“西安事变”七周年的纪念日。就在这些青年军官紧锣密鼓地进行秘密筹划时，他们忽视了一个非常重要的问题。原先，第六战区司令长官部地处鄂西的偏僻之处，加上交通又相当的不便利，军统局的势力很难涉及到。但中国远征军司令长官部距昆明只有百来公里的地，而云南又是戴笠的军统局苦心经营多年的地方，不但人员集中而且势力也雄厚，况且军统局对策划“清君侧计划”的青年军官早就有监视，所以军统局云南站很快就把这些青年军官制定的组织章程、行动计划和时间搞到手了。而且，这次军统局云南站查清了“清君侧计划”制定者中有一位是陈诚的亲戚。这时，戴笠觉得打击陈诚的时机成熟了：一方面他当时与胡宗南和汤恩伯的联盟已经形成，自己的实力已大大增强；另一方面距离这批青年军人实施“清君侧计划”的时间越来越近，如果不在这之前先下手，说不定会遗患无穷。
于是，戴笠带着该案的全部材料，亲自向蒋介石面报。虽然，“清君侧计划”矛头不是直接指向蒋介石，但在他内心里“西安事变”的阴影仍旧难以挥去，特别是对陈诚的部下会有如此的举动感到吃惊。蒋介石很快批准了戴笠的行动计划，并亲自给陈诚下令立即将中国远征军司令长官部内所有参加“清君侧计划”的青年军官交给军统局审讯。与此同时，戴笠下令将第六战区司令长官部内和正在陆军大学学习的那些参与“清君侧计划”的青年军官进行逮捕。此次行动，所逮捕人员的总数达到六百多人，全被秘密囚禁在“中美特种技术合作所”的警卫大队内。戴笠对被逮捕的首要分子亲自进行审问，欲从他们的口供里证实陈诚支持了“清君侧计划”。但审来审去，就是审不出有这方面的事实。此时，蒋介石尽管宠爱陈诚，而且也相信陈诚不会介入“清君侧计划”，但他作为第六战区和中国远征军的司令长官应有不可推卸责任，加上国民党内部反对陈诚的军政大员不断向蒋介石施加压力，蒋介石不得不让陈诚以养病为名主动辞去了中国远征军司令长官的职务，以示对陈诚的惩戒。
不久，蒋介石下令对十六位为首参加“清君侧计划”的年青军官进行秘密处死。
可事情到此并没有结束，戴笠在审讯中尽管没有抓住陈诚的把柄，但通过审讯他掌握了“清君侧计划”得到了美国人的暗中支持。这支持者不是别人，就是蒋介石的对头史迪威。蒋介石从戴笠处得到报告后极为震怒，此时史迪威与蒋介石的矛盾本已十分激烈，现“清君侧计划”有了这么个背景，他蒋介石怎么能容忍得了？几天后，蒋介石要外交部正式通知美国政府，要罗斯福总统解除史迪威的职务并调回美国国内。后来，经过东南亚盟军司令蒙巴顿将军和美国空军补给司令萨摹维尔将军的出面斡旋，再加上与美国关系很深的宋家姐妹的劝说，蒋介石考虑到自己即将要参加开罗会议，终于在自己的官邸接受了史迪威的当面道歉。
但由此引起的风波并没有过去。
