上海市行动总指挥部特务大队，然后派到南京以加强周镐的力量。此时，戴笠的意图是不管上海的指挥部还是南京的指挥部，都是“维持会”的性质，只要维持到中央的军队到达指挥部的工作就算圆满完成。对这一点，周佛海是早已心里有数，所以不敢多说一句话，做事更是谨小慎微。但是周镐自认为是军统局的地下工作人员，与周佛海的汉奸身份不一样，戴笠所说的“听候中央接收”，难道自己不是中央派来的吗？再说，周镐当时是奉戴笠的命令深入到日伪的“心脏”地带，冒着生命危险战斗到抗战胜利，现在居然要让别人来接收，他心里怎么都不舒服。为此，周镐有了自己的想法，他要趁伪南京政府宣布解散中央军还没有到时，向日伪组织直接受降以建立自己的功绩。
于是，就在周镐宣布成立上海市行动总指挥部南京指挥部后，在戴笠不知情的情况下擅自作出了几项大的决定：一是接管了伪《中央日报》和原来由周佛海控管的《中报》；二是封存了汪伪中央储备银行金库，并控制了汪伪的财政部和中央电台等重要部门；三是封锁南京的交通路口和车站，命令所有汪伪军、警、宪、政界的负责人到指挥部报到待命，同时由指挥部行动处对在南京的主要汉奸进行逮捕；四是周镐在电台发表广播讲话，宣读由他起草的给冈村宁次的受降书。这事关肃奸和接收日伪财产的事就是戴笠也无权作出决定，而要听从蒋介石的统一指令。至于向冈村宁次宣读受降书，则必须由盟军中国战区最高统帅的代表才可以进行。由于周镐的这些行动都是打着南京指挥部的旗号进行的，谁也弄不清楚他的背后有什么来头，日伪军不敢干涉，周佛海以为周镐执行的是戴笠的命令也没有多问。可就在这个时候，周镐在指挥逮捕汉奸的过程中，因为行动不慎，打死了汪伪政俯的陆军部部长。
此事，在汪伪高层的汉奸中引起了极大的恐慌，连陈公博也不得不采取行动保护自己。陈公博并不清楚周镐的真实身份，始终认为他是周佛海的人。既然周镐敢于这么大胆地采取这些行动，陈公博认为肯定是周佛海在背后指使的。于是，他暗中策动伪中央军校的学生和伪宪兵司令部的宪兵，包围了周佛海在南京西流湾的住宅，扬言要干掉周佛海。周佛海顿时感到形势对他极为不妙，就急电向戴笠报告了南京的情况。戴笠得知南京的情况后吃惊不小，他没有想到周镐会做出如此的举动，而这些举动会给他戴笠带来众多的猜疑，这些猜疑一旦让蒋介石知道了蒋又会怎样想呢？戴笠想到这里不由得对周镐有了怨恨，他立即授意周佛海采取断然措施限制周镐的行动，同时下令由南京先遣军司令任道援负责维持南京的临时治安。周佛海接到戴笠的命令后才明白了原因，但他此时此刻要对付周镐还有难度，惟有的办法就是借日本人的力量才能行事。过后，周佛海与日本侵华派遣军总司令部参谋小笠原的密谋策划，由小笠原将周镐骗到日本军司令部后当场将其扣留。然后，由周佛海出面将南京被捕的汉奸全部释放，并宣布解散南京指挥部。周镐被日军扣押后，任援道又受戴笠的指示，经与日军交涉将周镐转押到了他自己的先遣军司令部，后由戴笠派人转送到上海关押审查。被关押审查的周镐始终没能明白自己落到如此下场的原因，直到戴笠死后经好友活动后才被释放。
周镐走出监狱后，军统局里有人告诉了戴笠关押他的原因：一是怀疑他在接管南京时如此不听从指挥是受了新四军的指使，是另有所图；二是怀疑周镐的妻子是共产党员，并且当时结婚的场面搞得太大，违反了军统的纪律。其实，这些只不过是猜测而已。南京是国民党的旧都，蒋介石把对它的接管看得十分重要。蒋介石一方面发布命令要南京的日伪军原地待命，一方面紧急空运曾在缅甸打败过日军的新六军到南京。在这期间，蒋介石最担心的是新四军抢先进入南京城。而此时南京周围的形势对国民党来说确实非常危急，距南京仅一百公里的宣城已被新四军占领，离南京更近的芜湖已被新四军包围，部分新四军的游击部队已接近南京市郊，市中心新街口一带到处可见新四军张贴的传单……还有使蒋介石和戴笠同时心惊的是，原汪伪南京首都警卫第三师跨江投向了新四军，使南京城的防卫更是岌岌可危。为此，戴笠深知在中央军没有到达之前，要防止新四军入南京城必须完全依靠日伪军了。然而，周镐既不明白南京周围的形势也不清楚利用日伪军的重要性，大肆逮捕汪伪政府里高层汉奸，这势必会给日伪军内部带来恐慌和内乱，造成的后果是不但不可能利用日伪军抵御新四军，甚至会让大批的日伪军投向新四军。这样的局面对戴笠来说是极其可怕的，所以他要
