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当黄克诚率部赶赴津浦路西以后，他发现情况有变，国民党军队已经抢先接收了津浦路沿线城市，并且徐州、蚌埠等城市有重兵驻守。三师来到津浦路两侧半月有余，未见国民党军队东犯的迹象。
“兵无常势，水无常形”。黄克诚根据敌情迅速作出判断：国民党军队正忙于夺取大城市和交通要道，故而一时不太可能向我根据地进攻。如果我军旷日持久集结兵力于津浦路两侧，势成守株待兔，失去肃清根据地内部残敌，巩固我后方的有利时机。因此，黄克诚与第二师政委谭震林经过再三商量，决定联名向军部、同时也向中央发报，建议敌变我变，因变制敌。9 月3 日，电报发出。他们建议：二师主力回津浦路东，夺取铁路一段，三师主力一部回师肃清苏北、苏中各城市伪军，创造连成一片的苏北、苏中大块根据地，为尔后长期作战准备战场。
当日，华中局饶漱石等回电，指示黄克诚“三师不宜调返苏北”。
9 月5 日，刘少奇从中央电示华中局：顽军进占大城市与交通要道，我欲阻止顽军前进已很困难或不可能，而桂顽进占城市与要道后，暂时亦不会向我根据地深入进攻我军。因此，我欲求歼灭顽军一路，暂时恐无机会，以此配合谈判更不可能，在此情况下，请你们考虑黄、谭意见，将三师部队抽调（或再加二师之一部），向东肃清苏北敌伪据点，造成将来作战的有利条件，似乎是必要的，否则主力部队将陷于无事可做的地位，以前黄克诚主张三师部队首先肃清苏北敌伪后再西调的意见似乎也是对的。
这时，毛泽东代表中共中央赴重庆与国民党谈判，刘少奇留守中央，因而刘少奇的意见自然是代表了中央的意见。
未几，黄克诚率三师主力迅速开拔，昼夜兼程，回师苏北。
其实，早在西进津浦路途中，黄克诚便从长远计较，考虑肃清苏北残敌的需要，将师参谋长洪学智先行派返苏北，相机组织准备攻取两淮的作战。
苏北。新四军第三师驻地。
黄克诚汇集各方搜罗来的情报，分析敌情，准备发起两淮战役。
淮阴、淮安，苏北历史名城，还是苏北政治、经济、文化中心，南北水陆交通的枢纽。
抗日战争爆发后，国民党江苏省政府一度迁移至淮阴。日本侵略军后来又占领这两座县城，作为其屯兵要地，用以分割我苏北、苏中、淮南、淮北各根据地之间的联系。两城经过日军几年的苦心经营，工事完善坚固。日寇投降后，长期盘踞苏北的伪军潘干臣、吴漱泉接受国民党政府加委，分别被改编成国民党第六军第二十八师和淮安独立旅，他们会同伪保安团、常备旅等地方武装，据守淮阴、淮安两城。
淮阴、淮安两城相距仅十七公里，面对运河，水深城固。其中淮阴城高八米，淮安城高达十二米，两城之上有日军构筑的坚固工事，在城四角和城门上则筑有炮楼，城内主要街道路口也修筑了地堡。两城四周皆在运河、护城河基础之上，增设鹿砦、铁丝网等，在城外还附设了卫星据点，由此两城皆构成了以城墙为骨干的严密防御体系。
黄克诚认真分析了敌我态势后，决定首先集中兵力，歼灭淮阴之敌，尔后移兵淮安，予以各个击破。
根据地群众听到新四军要打两淮的消息，欢呼雀跃。他们自愿组织起来，踊跃支前。各地方都组织了担架队、“反攻动员委员会”、运输队、工程队等，光是担架队员就达数万人之多。听说部队翻越城壕有困难，上万民工立刻云集一处，在三天之内就挖通了三十里长的水道，将城壕里的水全部放完；为战时及时抢救伤病员，地方医院昼夜加班，增设了一千余张病床；广大妇女昼夜赶做军鞋，慰问子弟兵；文艺工作者也争先恐后，抓紧时间赶排节目，到攻城部队慰问演出……
随着攻城时间的临近，民兵、老百姓从四面八方奔向两淮，赶牛车的，拉土炮的，推小车的，汇成了人民战争的海洋。
早在8 月底，按照黄克诚的指示，洪学智和十旅旅长兼政委刘震率十旅以及淮海军分区新二团、师特务团已经逼近了淮阴城下。同时，苏北的地方①见《黄克诚回忆录》（上），解放军出版社，第316 页。
武装射阳独立团，淮阴、涟水警卫团，也从东、北两面配合，进逼淮阴。
8 月27日至31日，新四军及地方武装首先扫清了淮阴城外围之敌，进而向守敌发出通牒，敦促其缴械投降，但守敌伪军二十八师潘干臣部拒不投降，双方暂时处于相持状态。
