离子在电场作用下，通过电解质迁移到阳极上，与燃料气反应，构成回路，产生电流。
同时，由于本身的电化学反应以及电池的内阻，燃料电池还会产生一定的热量。
电池的阴、阳两极除传导电子外，也作为氧化还原反应的催化剂。
当燃料为碳氢化合物时，阳极要求有更高的催化活性。
阴、阳两极通常为多孔结构，以便于反应气体的通入和产物排出。
电解质起传递离子和分离燃料气、氧化气的作用。
为阻挡两种气体混合导致电池内短路，电解质通常为致密结构。
燃料电池其原理是一种电化学装置，其组成与一般电池相同。
其单体电池是由正负两个电极以及电解质组成。
不同的是一般电池的活性物质贮存在电池内部，因此，限制了电池容量。
而燃料电池的正、负极本身不包含活性物质，只是个催化转换元件。
因此燃料电池是名符其实的把化学能转化为电能的能量转换机器。
电池工作时，燃料和氧化剂由外部供给，进行反应。原则上只要反应物不断输入，反应产物不断排除，燃料电池就能连续地发电。
以氢-氧燃料电池为例来说明燃料电池。
氢-氧燃料电池反应原理这个反应是电解水的逆过程。
电极应为：负极：h2+2oh-→2h2o+2e-
正极：12o2+h2o+2e-→2oh-
电池反应：h2+12o2==h2o
另外，只有燃料电池本体还不能工作，必须有一套相应的辅助系统，包括反应剂供给系统、排热系统、排水系统、电性能控制系统及安全装置等。
燃料电池通常由形成离子导电体的电解质板和其两侧配置的燃料极和空气极、及两侧气体流路构成，气体流路的作用是使燃料气体和空气能在流路中通过。
在实用的燃料电池中因工作的电解质不同，经过电解质与反应相关的离子种类也不同。pafc和pefc反应中与氢离子相关，发生的反应为：
燃料极：h2==2h++2e-
空气极：2h++12o2+2e-==h2o
全体：h2+12o2==h2o
在燃料极中，供给的燃料气体中的h2分解成h+和e-，h+移动到电解质中与空气极侧供给的o2发生反应。
e-经由外部的负荷回路，再反回到空气极侧，参与空气极侧的反应。
一系例的反应促成了e-不间断地经由外部回路，因而就构成了发电。
并且从上式中的反应式可以看出，由h2和o2生成的h2o，除此以外没有其他的反应，h2所具有的化学能转变成了电能。
但实际上，伴随着电极的反应存在一定的电阻，会引起了部分热能产生，由此减少了转换成电能的比例。
引起这些反应的一组电池称为组件，产生的电压通常低于一伏。
因此，为了获得大的出力需采用组件多层迭加的办法获得高电压堆。
组件间的电气连接以及燃料气体和空气之间的分离，采用了称之为隔板的、上下两面中备有气体流路的部件，pafc和pefc的隔板均由碳材料组成。
堆的出力由总的电压和电流的乘积决定，电流与电池中的反应面积成比。
pafc的电解质为浓磷酸水溶液，而pefc电解质为质子导电性聚合物系的膜。
电极均采用碳的多孔体，为了促进反应，以pt作为触媒，燃料气体中的将造成中毒，降低电极性能。
为此，在pafc和pefc应用中必须限制燃料气体中含有的量，特别是对于低温工作的pefc更应严格地加以限制。
磷酸燃料电池的基本组成和反应原理是：燃料气体或城市煤气添加水蒸气后送到改质器，把燃料转化成h2、和水蒸气的混合物，和水进一步在移位反应器中经触媒剂转化成h2和2。
经过如此处理后的燃料气体进入燃料堆的负极，同时将氧输送到燃料堆的正极进行化学反应，借助触媒剂的作用迅速产生电能和热能。
相对pafc和pefc，高温型燃料电池cfc和fc则不要触媒，以为主要成份的煤气化气体可以直接作为燃料应用，而且还具有易于利用其高质量排气构成联合循环发电等特点。
含有电极
