正式政府，非常总统
孙中山五四运动后卷土重来，是他在广州另组政府的继续。他那时的策略仍是，鼓动部份友好军阀，攻打其它敌对军阀，然后，挥军北上，仍望以武取胜，冀期压倒北京。总之，这是南北同建政府对立；孙认为他是反对假共和。
本来，张勋复辟之际，孙离北京南下。孙曾声称「护国」，即是维护「共和」对抗「帝制」；继而，段祺瑞驱张勋，但拒恢复国会。孙遂改吁「护法」，并说他要推行「真的」*，对抗「假的」。先前孙抵广州与西南各省的军阀合组了军政府，任大元帅意图北伐，求武力取胜后即重建新共和。但桂系军阀陆荣廷施计改组了军政府，因取消大元帅职衔孙遂告辞避居上海。然而，广州的军政府继续，北京的新国会继续，并声称要议和。但孙对南北欲赖议和实现统一的前景毫不乐观。他自1918年八月离广州至上海后，一方面闭门写书，另方面安排再起。他考虑的仍是如何以武取胜，重掌广州，北伐决胜。他做了两件事：一是命依然统率粤军但散处闽粤边界的陈炯明整顿内部；二是把旧的「中华革命党」改为「中国国民党」。那段时候，孙本人的意图极为明显，他要加强军与党的可靠性，伺机而动，然后再创共和。
回顾历史，令人惊讶的是，1919年震动中华的五四运动进行期间，孙在上海没有明显和有力的参与行动。有些史家解释，可能五四爱国运动根本上是反对帝国主义，而孙于过去一直依赖外国列强作为避难所。辛亥革命前如此，民国建立后如此。所以，孙为闭门写书忙碌。
那时期北京的共和政府，实际上仍由段祺瑞操纵。五四运动之后，有关官员罢职，巴黎和议拒签，但是，总统仍是徐世昌挂名，国会仍由安福系把持。只是，本来由直系冯国璋与皖系段祺瑞共掌权的北京政府，因为冯国璋不久前病死，落入段祺瑞的控制之下。段起用其手下徐树铮当陆军总长。直系军队已经改由冯的部下曹锟、及曹部将吴佩孚接替统率了。段依然想使用武力统一中国。但因直系吴佩孚不从，段迫徐世昌将吴革职。曹、吴当然不服，联合奉系对抗，遂发生了「直皖战争」。直系举戈「讨逆」，皖系发兵「定国」。双方都有出战名堂。事发于1920年7月。交战五日，皖系面对直系、奉系连手合攻，前后夹击，迅速大败。段祺瑞被迫辞职；徐树铮外逃日本。于是，北京政府改由得胜的直系与奉系联合带兵进京把持，并且解散安福国会。总统依旧。战后，徐世昌任命曹锟与吴佩孚为正、副「直、鲁、豫」三省巡阅使。另外，奉系军阀张作霖本雄据东北，此次进北京，势力更膨胀，自此开始问鼎中原。
在「直皖战争」之前，南方的桂系陆荣廷与直系（曹、吴）曾相约，应允北上浙江，助直系攻皖系。其实陆想借势出兵先打闽粤地界的陈炯明，旨在扩充他在西南势力。与此同时，陈炯明亦曾向皖系（段祺瑞）投靠，因而得到皖系军费资助。所以，当桂系发动进击时，遂发生了「粤桂战争」。
这其实也算是部份南方军阀地盘之争。战争起于那年8月，桂系陆荣廷以「广州护法军政府」名义下达命令，分兵三路进军围攻粤军。中路是桂军，左路是滇军，右路是浙军。此时粤军由陈炯明等人统率，驻营在闽粤界，原则上仍由孙中山领导，并不听从广州军政府指挥，俨如独立军阀。但孙中山避居上海，正如陆荣廷在广西，均没直接参加。粤军亦是分兵三路展开接战。8月中旬粤军与桂系前锋先接触，桂军失利。因而竟引发了浙军按兵不缓，滇军自动撤退，桂军就此继续捱打。然后，粤军乘胜南下，夺海陆丰各县。至10月中，有部份广州护法军提出议和。于10月底，军政府主席总裁岑春煊辞职。11月初，陆荣廷等以四总裁名义宣布广州护法军政府解散。桂军退出广东，粤军夺取广州。战斗结束。这一仗双方曾激战四个月，是粤军胜。但陆荣廷等四人同时宣布向北京政府投降，取消独立，同意归附。于是总统徐世昌随据此对外宣布中国南北统一。
之前，孙中山在上海曾一再电函陈炯明等作战。待攻占广州后，孙即起程离沪返粤，决计重组政府，以及继续护法。
孙率身边要员，如胡汉民、廖仲凯等南下。同行者还有伍廷芳、唐绍仪这两位原属广州军政府的总裁。他们于1920年11月29日抵广州。孙等一面以陈炯明出任广东省长，一面召集流亡国会议员召开会议。陆续到会者共二百二十余人，势力范围，仅广东省。他们先恢复广州军政府，继而再以三总裁的名义，通电北京政府重开南北议和。但北京徐世昌在安福国会解散后却另组旧国会
