勋除黎元洪，至于溥仪复位不过是一场小插曲，他完全相信要打败张勋简直不费吹灰之力。段祺瑞的最终目的是幻想逐步追随袁世凯后尘，不但企图独掌政权，还要日后雄霸中国。因此，既推翻复辟，又再建共和，实在是等如天赐的最好借口。段本来是总理，是黎免他职位；共和既然恢复，再任总理，也不为过。说到国会，是黎下令解散的；至于总统，黎是自己辞职的。共和再始，段祺瑞以副总统冯国璋接任总统，应顺理成章，属按章办事。唯一分歧是国会怎复会？
7月，孙中山在上海决定率员南下另组政府，本是要对抗张勋和帝制，因为那时候溥仪已登位。共和被取消，清帝再出现，孙是号召国人起来把张勋的复辟推翻。段祺瑞反而掌握时机先做到这点。孙中山那时在军舰上策划新政府。所以，孙抵达广州时，北京已全改变。唯是西南不变。中国整体大局，重现南北对峙；即是，北洋军的皖、直、奉系控制北方；西南滇、桂两系又再自行宣告独立。不过，孙的武装力量有限，仅赖军阀假意拥护。广州军政府的成立，一方面是部份「非属」北洋军集团的军人欲借孙的声誉联合与段争衡，另方面是「原属」国民党的议员在北京被排挤后才南下投靠响应孙的护法。因此，从8月18日起至9月1日为止，因抵步议员只一百五十人，不足临时国会开会的法定，仅能以连串「国会非常会议」的名义，讨论、起草、通过「*军政府组织大纲」，并依据这份大纲选举孙中山为军政府大元帅，又选举唐继尧、陆荣廷为副帅，负责行使军政府的职权。9月10日，军政府告成立，孙就职时表示：「今日变化，非帝政与民政之争」；同时，又谓：「非新旧潮流之争，非南北意见之争」，「实真共和与假共和之争」。同日，随即选出各部总长：张洪伊掌内务、伍廷芳掌外交、张开儒掌陆军、程璧光掌海军、胡汉民掌交通、唐绍仪掌财政。至于军队方面，由孙以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、方声涛长卫戍、李福林长亲军、章太炎长秘书、许祟智长参军、李耀汉长筹饷、廖仲恺长财政。但获选副帅的唐、陆均缺席。皆因滇系头子唐继尧、桂系头子陆荣廷那时另外各有如意算盘。
9月29日北京政府以「背叛民国」罪下令通缉孙中山等人；与此同时，广州军政府亦下令通缉段祺瑞及梁启超等，以示对抗；并且对外公布正式向德、奥宣战。
孙拟以武取胜，组军进行北伐；目标是希望打垮段，冀期达到南北统一。但滇系和桂系所想实与孙不同。
首先西南军阀假意附和孙的护法运动，只藉此当作为与北方军阀谈判的筹码。其时，唐（继尧）、陆（荣廷）二人旨在联冯（国璋）抗段（祺瑞）。因为，段自从复任总理后，也欲武力统一南北。而北洋集团中，段掌内阁，冯升总统；皖系（段）与直系（冯）亦正展开权力之争。但是北京是段势力；冯因赴京就任，离开南京地盘，诸般不利，反而受制。段是计划用冯在南京的军队出击西南。既可以对抗孙北伐，又可以消耗冯实力。但冯与西南军阀常联络，同时，对南北统一，主「和」不主「战」。
无奈在段的催迫下，冯命曹锟进军湖南。因为这是南上北下必经之地。直系曹锟的部将吴佩孚出兵之后连打胜仗，乘势而下，西南震动。唐、陆不得不发兵去抵挡。此时段祺瑞抢先机，遣皖系人出任湘督。吴佩孚不服并退军停战。冯国璋随即与西南军阀再讨论南北议和统一。
在这期间，孙中山的大部时间和精力都耗在筹募军饷和政府职员口粮上。据称，除了身边的几个人，孙这位大元帅命令，百步之外就不灵了。主要因为，无论大小军阀都无意真正支持孙护法。他们清楚，孙一旦成功了，那还容许武人拥兵割据，真共和真*那有土豪？所以，护法运动，雷大雨少，分、合、和、战，各为地盘白耗。
1918年5月4日在广州的政学派议员与桂系军阀联合召开非常国会，通过「修正军政府组织法案」，改大元帅制为七个政务总裁。孙与唐继尧、陆荣廷、岑春煊、伍廷芳、林葆怿、唐绍仪等入选；孙被排斥，愤然辞职。
其实这场运动由开始至收场，孙的所谓领导始终有名无实。一是组织上有名无实；二是行动上有名无实。
先讲国会。孙提出的所谓「护法」，主要是责段祺瑞没有照当年南京政府所通过的「临时约法」恢复国会。在孙看来，这个「法」，就是「宪」。孙心目中的合法性国会，是袁世凯改制前的国会，是宋教仁曾大胜的国会。那时议员之中，国民党占多数。然而，张勋复辟被瓦解后。不满段的再造共和，部份议员响应孙的号召南
