年任故宫博物院文献馆馆长。1949年，护送故宫第三批文物到台湾，任台湾大学教授。1958年，膺选为中央研究院院士。
李敖从中学就知道姚从吾的名字，但直到1956年大学二年级时选了《辽金元史》，才算正式结识姚从吾老师。
姚从吾老师亲切和蔼，生动风趣，当然这不但指他讲课风趣，也包括他的长相和方法风趣。上课时他虽然年纪一大把，但却总是谦称“兄弟”如何如何，搞得堂上一班毛头小伙子心里直发毛，而一般妙龄少女更难接受，笑谓：“他怎么跟我们称兄道弟呀？他那么老，被他称兄弟，多倒霉呀！”
姚从吾讲课的另一个特色是喜欢边讲边用手去揉搓他那挺着的大肚子。他拙于口才，讲话时先是张开奇厚的嘴唇，下腭乱动，满口乱牙翻滚，然后发音，让人替他着急，所以给人的感觉就好象那些话不是说出来的，而是他揉肚皮揉出来的，但这也有好处，因为声音的共鸣腔加大了，所以声音中气十足，道地是河南男低音，配合上他那厚实朴拙的造型，俨然一副中原老农相。他冬天穿两种衣服，一件是灰色西装上衣，衣奇大，是从估衣市场买来的旧货；一件是阴丹士林长袍，长袍内有白衫裤，白衫裤与短袜子间，永远露出一截小腿。
姚从吾因为人长得土，所以他虽然喝过洋墨水，仍不改一副中原老农像，同学们背后戏称其为“姚土鳖”，深为他所忌。李敖也未能免俗，一次两人一起照相，洗好后，李敖送他一张，背面题“土鳌老师惠存”，后来一个偶然机会，李敖又看到这张照片，发现背后“土鳌”两字已被他悄悄涂去，改为“从吾”了。
姚从吾的学问来自“皓首穷经”的苦读，李敖对这样的死读书的教授历来就没有好印象，他总觉得姚从吾老师一生的学术成就与他的际遇和努力不太相称，所以在学问上姚从吾对李敖的影响是极有限的。李敖曾这样说过：“尤其大四写论文，他对我实在没有什么指导可说（为了跑图书馆，他倒给我写了不少名片）。我敢说，他对我的论文——《夫妻同体主义下的宋代婚姻的无效撤消解消及其效力与及其效力与手续），全无研究。他只能给我改一处笔误而已。”
但姚从吾老师诲人不倦的精神和人格却对李敖产生了很大影响，令李敖“一生感恩难忘”。
姚从吾在大陆时本是铁杆国民党，并曾奉命组建中国西南联大中国国民党国民党部，但到了台湾，居然拒绝办国民党归队登记，“他的国民党性，却全然不见”，但内心显然有了一定程度的觉悟，李敖对此很表敬佩。
1957年7月23日，李敖与姚从吾老师小谈，姚从吾劝李敖不要多发表文字，李敖以为然，乃作诗一首：“鱼倦低游每返渊，鸟倦高飞总知还，摒情专心穷文史，隐姓埋名二十年！”看到姚从吾老师那苍苍的白发，李敖深深感到青春的可贵与珍惜青春的迫切。同时他也得到了一种时间的透视，使他深信每天都有“一夫不耕，或受其饥；一女不织，或受其寒”的重要性，“急求早成”的心理对他说来是益发炽烈了，发展到今天，这已变成无时不在他意识中的一件大负担，是鞭策他不停地努力、不停地紧张的最好力量。
李敖与姚从吾的关系，一直与一个人牵连，这个人就是姚从吾的老师胡适。
李敖对胡适的兴趣，由来已久。早在小学时他就已知道胡适的大名，在初中时，李敖从陈正澄那儿借到《胡适文选》，从此才深受胡适的影响。一九五二年十月一日，李敖在台中车站递了一封两千字的长信给他，那时他才十七岁。一九五四年，陈世熙在台大办《这一代》杂志，拉李敖写稿，那时李敖还在念高二，就写了一篇论《胡适文存》的文章《从读〈胡适文存〉说起》。文章写好后，不想他们有所顾忌，没有用，就还给了李敖。过了两年，陆啸钊创办《大学杂志》，他不在乎，就把稿子拿去刊登了，刊登后近一年，有一天李敖的女朋友罗君若忽然提议，说：“何不寄《自由中国》？他们一定登！”于是李敖删了一部分，她抄好，遂改登《自由中国》，刊出的时间是一九五七年三月一日，而在这前后李敖已在《中央日报》等发表过一些有关胡适的文章。
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4．李敖……姚从吾……胡适（2）
李敖的这篇文章颇有功力，引起了海外的胡适和台湾的北大系教授的注意。
文章发表后一年一个月，胡适从美国回来，4月26日在台北中国地质学会年会发表演说记录，李敖去听了，这也是他在大学第一次听胡适演说。演说后，姚从吾特别向胡适
