�9万中国军队被围困于南京城内，而袭击这座城市的日本兵只有5万人。中岛将军意识到杀死10几万中国战俘绝非易事：“处置1千，5千、甚至1万人，即使只是解除他们的武装也是极其因难的……如果他们制造麻烦，后果将不堪设想。”杀害战俘由于人力有限，日军极力制造骗局。这种集体大屠杀的策略分成几个步骤：先是向中国人许诺，只要停止抵抗，就会受到良好待遇，哄骗他们向日本占领军投降，再把他们分成100…200人一组，然后把他们骗到南京附近的不同地方杀死。中岛认为，一且失去了进一步抵抗的可能性，大部分战俘都会极为沮丧并服从日本人的任何命令。
这一切比日本人事先预料的更容易。只发生了零星的抵抗；实际上几乎没有抵抗。当日军围攻这座城市时，许多中国士兵丢下武器弃城而逃，后来向日军投降，希望获得良好待遇。一且这些人缴械投降并束手就擒，剩下的事情就好办了。
中国士兵的不抵抗行动在一个前日本士兵东史郎的日记中得到了更详尽的说明，他描述了南京陷落后不久中国军队投降的场面。当他们突然接到围赶大约2万名战俘的命令时，他所在的部队在市中心不断派出岗哨和分配宿营地。
东史郎和其它日本兵到9，10公里之外搜寻这些战俘。夜幕降临时，日本兵终于听到了像青蛙发出的隆隆声，他们还看到无数烟头在黑暗里一闪一闪。“那是一个宏大的场面”，东史郎写道：“7，000名战俘都集中在一个地方，聚集在两面白旗之下，那旗子挂在一个枯树枝上在夜空中飘动。”战俘们衣衫褴褛，乱七八糟，有的穿着蓝色棉军服，蓝色棉外衣，带着帽子。有的用毯子盖着脑袋，有的拎着粗布袋，有的还背着棉褥子。日军让战俘排成4队，队前竖着白旗。这几千名中国士兵耐心地等待着日本人把他们带走，并告诉他们投降过程中的下一步该做什么。
这些中国部队不愿进行抵抗使东史郎震惊。对这个成长于军国主义文化中的人来说，飞行员只能用刺刀，而不能使用降落伞，最后宁可自杀也不能被俘，因此当看到中国人不愿与敌人战斗而死时，他感到不能理解＿当他发现被俘的人数超过抓俘虏的人数时，他对中国人就越发鄙视了。
“当我想象他们是如何聚在一起到处找白布，然后把它绑在枯枝上并前来投降时，真是又可笑义可怜”，东史郎写道。
我在想，他们怎么能变成俘虏呢？他们有那么多人——超过两个营——竟然一点也没有尝试抵抗。这些部队一定有许多军官，但一个也没有留下，我想是全都逃之夭夭了。尽管我们只有两个连，而且那7000名俘虏已被解除了武装，但是如果他们决定站起来反抗，那我们的部队就彻底完了。
一种纷乱的情绪侵扰着东史郎，他为中国士兵感到难过，这些饥渴而又惊恐的人不断要水喝，并再三要求得到他们不会被杀死的保证。但同时他又对他们的懦弱嗤之以鼻。东史郎突然感至羞愧，因为在以前的战斗中他曾暗暗害怕中国士兵，一股不由自主的冲动使他把这些战俘看成是没有人性的昆虫和动物。
他们成群地走着，就像地上爬的蚂蚁。
他们看上去就像一群无家可归的人，脸上带着愚昧无知的表情。
像一群无知的羊，无规无矩，在黑暗中行进，并相互耳语着。
他们根本不像就在昨天还向找们开枪并给我们制造麻烦的敌人。根本不可能相信他们曾是敌方的士兵。
认为我们会战死在这些无知的奴隶军队手中的想法实在是太傻了。即使他们当中有些是20…30岁的男青年。
日军把战俘带到附近的村庄。东史郎回忆说，当一些中国人被赶进一个大房子时，他们犹豫不肯进去，认为这地方就像是“一个屠宰场”。但后来他们还是屈服了井排队进了大门。只有当日本人企图要把中国俘虏的毯子和草垫拿走时，他们才拼命争夺。第二天早上，东史郎和他的同事接到了去另一个地区巡逻的命令；他们后来才知道，当他们巡逻时，这些中国战俘被两三百人一组分配给几个连，然后被杀害了。
在南京暴行中，最大规模的一次集体屠杀战俘的事件或许要算发生在幕府山附近的那次。该山就在南京正北面，位于南京城和长江南岸之间；估计有57，000市民和前士兵在这里遇害。
杀人是秘密分阶段进行的。12月6日，《朝日新闻》的记者横田报道说，日本人在靠近青龙山和幕府山的炮兵要塞俘虏了14，777名士兵，而仅仅是这么多的战俘就成了问题，“日军遇到了
