最大的困难，因为这是他们第一次抓获这么多战俘”，横田写道，“连处理这些战俘的人手都不够。”
根据前日本陆军下士栗原保存的有关这个事件的日记和笔记所说，日本人解除了数以千计的俘虏的武装，除了衣服和毯子，抢走了他们身上的每件东西，并把他们押送到一排临时搭起的茅棚中。当12月17日日军接到杀死这些战俘的命令时，他们极为谨镇地行动。那天早上日军宣布他们要把这些中国战俘转移到长江中的一个叫八卦洲的小岛上。他们对这些战俘解释说他们需要特别谨慎地行动，并反绑起战俘的双手——仅这个任务就花了一上午和大半个下午。
下午4点到6点之间，日本人把这些战俘分成4队向西走去，绕过几座小山后停在江边。“这些战俘在等待了3、4个小时后，不知道发生了什么事，也看不出任何准备过江的准备”，这个下士写道，“此时天渐渐黑了下来，他们还不知道日本士兵已经沿江水形成新月状包围了他们，许多机枪己向他们瞄准。”
当发出射击的命令时，这些中国人再想逃走已为时太晚。“突然各种机枪同时开火”，栗原写道，“机枪声和绝望的叫喊声交织在一起。”中国人痛苦地挣扎了1小时，终于听不见从人群发出的声音了。然后日军用刺刀一个一个地刺戳中国人的身体，从晚上一直干到天亮。
处理尸体是日军的另一个大问题。在幕府山的大屠杀中，被杀死的人数只是日军在南京城内外杀死的总人数的一小部分，但清理尸体的工作也花了数日。掩埋尸体是一种处理方法，但中岛将军在日记中抱怨很难找到地力挖掘足够掩埋七八千人尸体堆的大坑。焚尸是另一种方法，但日军经常缺少足够的燃料去完成这个任务。例如，在幕府山的大屠杀之后，日本人在尸体上浇了几桶汽油焚尸，但还没等尸体烧成灰烬，汽油就用光了。“结果是一大堆烧焦的尸体”，日本下士写道。
许多尸体就被扔进了长江。
屠杀平民
在士兵们大规模投降后，实际上已经没有人来保卫南京平民。日军对这一点是了解的，于是在1937年12月13日大量涌进南京，占领了政府所在地、银行和仓库，并在大街上随便开枪杀人，有许多人是在逃跑时从背后被击中的。日军用机关枪、左轮手枪和步枪向成群的伤员、老妇和儿童开枪，他们集中在中山北路和中路的大道及附近的胡同里。日军还在城市的每个地区杀害中国市民：无论是在大街小巷，在防空洞，还是在政府建筑物，在城市广场，他们到处杀人。随着一个接一个的牺牲者痛苦呻吟或叫喊着倒下，这座沦陷的首都的大街小巷、沟沟渠渠血流成河，许多人奄奄一息，但无力逃脱。
日本人在南京挨家埃户地搜查寻找中国士兵，也就一家接一家地杀害这座城市的居民。但他们也在市郊和乡村屠杀中国人。在城墙外，在河边（河水早已被染成红色），在池塘和湖边，在小山旁和大山脚下，到处尸体成堆。在南京附近的村庄里，日本人向任何一个过路的男子开枪，因为他们怀疑他过去可能是个中国士兵。但是他们也向明明不可能是中国士兵的人开枪，例如老人和妇女，如果他们对用日语发出的命令表示犹豫或不理解而走错了路，就要遭到枪杀。
12月的最后10天，日本人的摩托车队开始在南京巡逻，同时日军扛着步枪把守所有街道、大路和小巷的人口处。日军换家挨户也要求市民打开大门迎接胜利的部队，但是店主只要一开门，日军就向他们开火。日军用这种方式屠杀了数以千计的市民，然后把这些商店洗劫一空，对他们没用的东西则付之一炬。
日本的记者
这些暴行使随军到南京的日本记者感到震惊。一位恐惧的《每日新闻》记者亲眼看到，日军让中国战俘排队站在中山门附近的城墙上，然后用步枪上的刺刀向他们猛刺过去。“俘虏们一个接一个地摔落在墙外”，这位记者写道，“鲜血四溅，阴森恐怖的气氛真使人毛骨悚然，四肢颤抖。我站在那里丢了魂，茫然不知所措。”
不止是他一个人有这种反应。其他许多记者，甚至是身经百战的战地记者们，对这种疯狂的暴行也感到畏缩，于是他们把感受倾注于文字。下面是一位日军记者今井正冈的记述：
在下关码头，死尸体堆成了黑糊糊的山。大约50到100个人在那里干苦活，把尸体拖下来扔进长江。尸体还淌着血，有些人还活着并虚弱地呻吟着，他们的四肢还在抽动。苦为们一声不吭地干着活，像是在演哑剧。在黑暗中人们很难看到长江的对岸。在微弱的月光照射下，码头上是一大
