。1946年谷寿夫被押回中国审判，一辆囚车把他运进南京的一座拘留营。为起诉他作准备，穿着白色工作服的法医专家挖开中华门附近5个葬地，挖出成千上万的骸骨和颅骨，许多是因枪伤而断裂，而且仍然染着黑色的血迹。
当面对整座城市集中爆发的愤怒时，谷寿夫一定感到胆战心惊。他穿着拆去星章和绶带的黄色军服，站在被告席上，80多名证人出庭详述无休无止的一系列恐怖行为。起诉书很长，列举了谷寿夫师团犯下的成百上千桩罪行：刺杀、烧杀、淹杀、勒杀、强奸、偷盗和破坏。罪证越来越多，件件令人发指，专家们在法庭的桌上展示成堆成堆的颅骨，加强了效果，中国公诉人甚至和专家站到一起。1947年2月6日，宣布对谷寿夫的判决时，法庭太小不足以容纳所有要出席的人，但法庭内还是挤满了2，000多名观众，同时用大喇叭向聚集在外面的好几万居民广播宣判的过程。
法庭裁决有罪，对此没有人感到意外。1947年3月10日，法庭作出结论：谷寿夫的部队违反了海牙会议“关于在陆地的战争及战时对待战俘的习惯法”并纵容了一场大屠杀，使南京据估计30万人丧生，之后，宣判谷寿夫死刑。4月26日，南京城里的大多数人走出家门，观看行刑，人们沿街或沿人行道而站，看卫兵把反绑双手的谷寿夫押往位于南京正南方的雨花台刑场。在那里，谷寿夫被枪毙，许多幸存者认为，与其多数受害者的遭遇相比，他的死已是太人道了。
远东国际军事法庭
远东国际军事法庭，亦称东京战争罪行审判，1946年5月3日在日本的首都开始。审讯的范围大得惊人。远东国际军事法庭吸引了20万观众和419名证人。审讯的文字记录多达49，000页，1，000万字，包括779份书面陈述和作证书，以及4，336件物证。这次审判被称作“世纪的审判”，持续了两年半——是纽伦堡审判所花时间的3倍。事实上，远东国际军事法庭会成为历史上最长的战争罪行审判。
远东国际军事法庭引起无数传媒和法律界人士的注意，尽管只有28名日本军事和政府官员被起诉。每次开庭，法庭里都挤满了1，000多人，包括法官、律师、外国记者：新闻摄影师、法律工作者、军事警察、速记员和翻译。记者席的左边，升高的台子上，坐着来自11个同盟国的法官，记者席的右边是被告，观众坐在楼厅上，律师、助手和职员站在下面。每个人都戴着耳机，因为诉讼程序以英语和日语两种语言进行。
“在远东国际军事法庭上，有1，000个美莱（越南南方的一个村庄，1968年美军在那里杀害了100多平民。——译者）出现”，阿诺德·布雷克曼在他的著作《另一个纽伦堡：东京战争罪行审判未曾讲过的故事》中写道。在审讯期间，日本人席卷亚洲所作所为的成千上万骇人听闻的细节，通过大量的新闻报道、调查报告、统计资料和证人证词呈现出来。远东国际军事法庭不仅建立了南京大屠杀的永久性口述历史记录，而且证明了南京大屠杀仅仅是日本人在战争期间全部暴行的一小部分。检察当局发现，其中有日本人在其俘虏身上做医学试验，使重病和饥饿的囚犯因精疲力竭倒地死去的行军（如臭名昭著的巴丹死亡行军），修筑暹缅死亡铁路的残酷条件，把水或煤油灌进受害者的口鼻直到其肠子破裂的“水疗法”，悬吊俘虏的腕、臂或腿直至其关节完全脱臼，强迫受害人跪在利器上，令人痛苦之极的拔指甲，电击折磨，强迫妇女裸身坐在炭炉上，每一种可以想象到的殴打鞭笞形式（宪兵好用的一种折磨方法是把俘虏捆在树上，围着他们，用一种委婉地称作“三重攻击”或“三方会合”的方法把他们踢死），甚至活体解剖和吃人肉。后来认定，日本人对待战俘之残暴甚至超过纳粹。纳粹囚禁的美国战俘25人中仅死一人，相比之下，日本人囚禁的三人中就有一人死亡。
南京的暴行——也许是远东国际军事法庭最重要的事件——是作为整个战争时期日军行为的一个象征。合众社一名采访远东国际军事法庭的年轻记者布莱克曼指出：“南京的暴行不是所有战争都普遍发生的一种独立的事件。它是蓄意的，是政策。东京对此是知道的。因此，它是全世界传媒的头版新闻。这就是远东国际军事法庭的全部内容。”在审讯中出示的证据压倒了日方的辩护。国际安全区委员会的一些成员也飞到东京，宣读他们的日记，展示他们自己的研究发现，回答有关南京暴行的提问。
远东国际军事法庭的裁决毫不含糊地痛斥日本人在南京犯下的罪行，用一名观察者的话
