说，日本兵“就像一帮野蛮人被放了出来亵渎了这座城市”。法庭还作出结论，日本政府很清楚在南京的种种暴行。罪行毕竟是明明白白地在大使馆眼前发生的。国际委员会曾经每天都拜访日本驻外办事处和日本大使馆的代表报告当时的形势，在头6个星期甚至一天提两次抗议。美国驻东京大使的约瑟夫·格鲁个人会见日本的高层官员，包括广田弘毅，通知他日军的暴行。此外，1937年和1938年驻华的日本无任所公使伊藤也向广田呈交有关日军在华暴行的报告。
对南京暴行最强烈的谴责是针对松井石根的。作为当时日本华中远征军的指挥官，松井是最明显的目标：在侵占南京之前一个月，松井曾夸耀他的任务是“惩罚南京政府和无礼的中国人。”1937年12月17日，松井以极隆重的庆祝仪式进入该城，骑在红棕色的马上，接受士兵的欢呼。不过，历史学家曾提出，松井有可能做了南京暴行的替罪羊。松井患有肺结核，病体赢弱，在城陷之时他甚至不在南京。
由于这个问题缺少文献，松井对南京罪行的责任仍然是需要进一步研究和争辩的课题。然而，证据表明，这个患结核病的将军对整个事件感到罪责难逃，无疑是因为在朝香宫指挥之后，他未能维持日军的纪律。为了弥补在南京犯下的罪行，松井在离东京约50公里的海滨胜地，他的家乡热海的一座小山上树立了一座表示痛悔的神龛。从长江岸边运去的几袋泥土和日本当地的泥土混和在一起，经过雕刻、烧焙、上釉，制成——佛教仁慈悲女神观音像。松井一家请来尼姑在佛像前念经，哀悼中国的战争亡灵。
然而，自我鞭挞的公开表演是一回事，愿意为枉死的人讨回公道则完全是另一回事。直至今日，松井在远东国际军事法庭上的行为仍然令人费解。在证词陈述中，他没有揭示在南京所发生的全部真相，这陈述原本是会牵连到皇室的。相反地，他一派胡言，不是撒谎就是偶尔自我谴责一下。他试图为南京的暴行找借口，有时完全否认它们，并用他那关于佛教和中日亲善本质的拐弯抹角、含糊神秘的论述来激怒检察当局。他没有一次指责天皇。相反地，他自责没有适当地指向朝香宫亲王和天皇，而他还告诉公诉人，为他们去死是他的义务。他说，“我乐意以这种方式结束”，“我确实渴望随时去死”。
他的愿望实现了。法庭作出结论，南京的暴行“不是经秘密命令的，就是故意之所为”，并判处松井死刑。他不是唯一的一个；总共是7个日本甲级战犯，包括日本外相广田弘毅，他被远东国际军事法庭判决有罪，后来在东京巢鸭监狱被绞死。
不幸的是，南京暴行的许多主要的罪犯——或那些原可以用其皇家权威制止强暴的人——一天也没有出过庭。
中岛今朝吾将军在日本投降后不久去世。由于尿毒症和肝硬化，此人死于1945年10月28日，最严重的一些南京暴行就是其部队所为。有传言说中岛是个酒鬼，是自杀身亡。不过，他的长子说，他的病是由于吸入自他受雇进行化学武器研究和教学之后就接触的气体。凑巧的是，一名美国军事警察来询问中岛有关战争罪行的事，到了他家门口，正好碰上医生在通知其家人中岛死了。中岛的传记作家木材邦宪认为中岛奉行了“不留俘虏”的政策；他引述中岛之子的话说：“如果我父亲活着，他可能逃脱不了死刑。”
柳川平助将军也死于1945年。不过，在他心脏病发作去世之前，他和朋友菅原丰面谈了几次，他利用他们谈话的全部七本记录出版了一本书。虽然这本书主要是赞美柳川的军事业绩（菅原写道，“他是个杰出的人，一个伟大的天才”），但它确实提到达了南京的暴行。柳川对整个事件简直是不屑一谈，他向菅原保证关于其士兵暴行的报告纯属“捏造的谣言”。他反而夸耀说，他的士兵在南京非常遵守严格的纪律，甚至进驻中国人家时他们都小心翼翼地穿上拖鞋。
裕仁在日本投降之后又活了很久，但从来不曾为他在战时的行为面对彻底的道德清算。作为日本投降的交换条件，美国政府同意日本天皇免于审讯，所以没有作为被告，甚至没有作为证人传唤他。因为投降的条件使日本皇室的所有成员免受指控，裕仁的叔叔朝香宫亲王（在他的指挥下制造了“杀掉全部俘虏”的命令）也逃脱了审判，使他完全不用在远东国际军事法庭露面。
豁免裕仁的战争责任的决定及更加糟糕的保留其皇位的决定，后来妨碍了日本人民自身对其二战罪行的历史的觉悟。根据裕仁的传记作者和著名的日本学家赫伯特·比克斯所说：“许多人会觉得难以相信他们
