过后，洛伦佐美第奇的继承人皮耶罗二世德美第奇委託米开朗基罗用雪製作一件雕塑，米开朗基罗由此重返美第奇的宫廷。
同年，修士萨沃纳罗拉崛起，美第奇家族被逐出佛罗伦斯。在政治动荡结束前，米开朗基罗离开佛罗伦斯，先去了威尼斯，随后来到博洛尼亚。
在博洛尼亚，他被委任完成圣多明我大殿雕刻最后部分的几个小型人物雕像。1494年，佛罗伦斯的政治局势渐趋平静。
法王查理八世被打败，佛罗伦斯不再遭受法*队的威胁。米开朗基罗回到佛罗伦斯，但萨沃纳罗拉的政府并不委託他进行创作。
米开朗基罗於是重新寻求美第奇家族的委託。在佛罗伦斯度过的半年裡，他创作了两件小雕像，一件是幼年的圣若翰洗者像，另一件是沉睡的丘比特。
据米开朗基罗的传记作家阿斯卡尼康迪维称，圣若翰洗者像的委託人洛伦佐迪皮尔弗朗切斯科德美第奇要米开朗基罗把丘比特像做旧，就像出土的一样，这样他就能把雕塑送到罗马，当成一件古物来卖，从而多赚不少钱。
然而洛伦佐和米开朗基罗都不知不觉地上了中间人的当，中间人瞒报了雕塑的真实售价，使得销售的收入更多落入了中间人的口袋裡。
雕塑的买主，枢机主教拉斐尔里阿里奥发现自己买到的是一件贗品，但雕塑的质量给他留下了深刻的印象，於是他把米开朗基罗请到了罗马。
这一创作的成功以及佛罗伦斯的不利环境，可能是促使米开朗基罗接受主教的邀请、前往罗马的原因。
1496年，米开朗基罗抵达罗马，这时他21岁。同年，他开始為枢机主教拉斐尔里阿里奥创作一件罗马酒神巴库斯的雕像，大小比真人略大。
然而，雕像完成后，枢机主教却拒绝接收这件作品。巴库斯的雕像随后摆在了银行家雅格布加里的花园裡，成為他的收藏之一。
