作品刚刚完成，就有人认为壁画亵渎了教义，因为米开朗基罗把基督和圣母玛利亚都画得一丝不挂。
枢机主教卡拉法（后来的教宗保禄四世）、曼托瓦大使蒙西尼奥尔塞尔尼尼都要教宗毁掉这幅壁画，但是教宗没有同意。
米开朗基罗去世后，教廷决定为画中的*画上遮羞布掩盖私处。米开朗基罗的一个徒弟达尼埃莱达沃尔泰拉接受了委托，为画中的*人物画上了内裤，他也因此得到了裤子画家的谑称。
1993年，文物工作者修复壁画时，决定保留一部分达尼埃莱画上的遮羞布，以作为历史的记录。
另一方面的原因，之前一些艺术家为了润色这幅巨作，毁坏了米开朗基罗的一部分原笔。那不勒斯卡波迪蒙特博物馆收藏有马尔切洛维努斯蒂的临摹本，临摹本忠实於原作，临摹时原壁画还没有被后人修改。
同样的审查一直伴随着米开朗基罗，由於他作品中的人物常常*，暴露生殖器，他一度被污为淫秽创造者。
米开朗基罗的作品被臭名昭着的遮羞布运动大量破坏，加上了大量的遮羞布。例如，雕塑弥涅耳瓦的基督（位於罗马的神庙遗址圣母堂）的遮羞布一直保留至今。
1546年，教廷任命米开朗基罗为梵蒂冈圣彼得大教堂的建筑师。米开朗基罗要为教堂设计圆顶。
工程进行期间，由於米开朗基罗的高龄，有人担心他不能在有生之年完成穹顶。然而，穹顶下部支撑环建成之后，建筑的完成不再是个问题。
1564年，米开朗基罗在罗马去世，享年88岁。这时距离他的89岁生日只有三个星期。根据他的遗愿，遗体自罗马运回佛罗伦斯，安葬在佛罗伦斯圣十字圣殿。
梵蒂冈官方报章《罗马观察家报》2007年报导，教廷在圣伯多禄大教堂一间办公室内，找到可能是着名艺术大师米开朗基罗的最后遗作，估计是他死前一年为兴建圣伯多禄大教堂所画的一份草图。
